La labor cotidiana de las Micronaciones Unidas está a cargo de su Secretaría, integrada por funcionarios internacionales que trabajan en oficinas del mundo entero. La Secretaría presta servicios a los demás órganos principales de las Micronaciones Unidas y administra los programas y las políticas que éstos elaboran.
Su jefe es el Secretario General, nombrado por la Asamblea General por un período renovable de seis meses.