К числу Недостатков флешек относятся:
· Невысокая износоустойчивость при частой эксплуатации. Чем чаще записываются данные на флешку, тем быстрее она изнашивается.
· Невысокая скорость передачи данных. Новый стандарт USB 3.0 отчасти решит эту проблему, но до скоростей передачи данных с жёстких дисков флешкам очень далеко. Однако достойных альтернатив им в этом плане тоже нет.
· Чувствительность к электромагнитному импульсу – минус, которым обладают все не-оптические и не-механические накопители.
· Криптографическая ненадёжность. Украсть и взломать флешку – несложная задача впрочем, у крупных производителей накопителей памяти имеются модели с аппаратным шифрованием данных, обеспечивающие достойный уровень безопасности.