ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเกษตรหนองคาย ตั้งอยู่ที่ กม.ที่ 63 ถนนหนองคาย – บึงกาฬ ตำบลรัตนวาปี อำเภอรัตนวาปี จังหวัดหนองคาย เดือนเมษายน 2530 กรมวิชาการเกษตร ทำการสำรวจและจัดตั้งแปลงทดลองพืชสวนหนองคาย ตามมติเห็นชอบของคณะกรรมการให้ใช้ที่ดินสาธารณประโยชน์บ้านน้ำเป มีพื้นที่ 4,400 ไร่ ซึ่งเป็นที่ดินสงวนของกรมที่ดิน กระทรวงมหาดไทย โดยอยู่ในความดูแลรับผิดชอบของคณะกรรมการอำเภอโพนพิสัย
จังหวัดหนองคาย ตามหลักฐานทะเบียนที่ดินรกร้างว่างเปล่า ลำดับที่ 23 ตั้งอยู่หมู่ 9 ตำบลรัตนวาปี อำเภอโพนพิสัย จังหวัดหนองคาย ตามประกาศหวงห้ามวันที่ 25 พฤษภาคม 2466 และกระทรวงมหาดไทยได้อนุญาตให้กรมวิชาการเกษตรเข้าไปใช้ประโยชน์ในพื้นที่ดังกล่าว ตามหนังสือที่ มท 0710/5067 ลง วันที่ 3 เมษายน 2529 ซึ่งสถานีทดลองพืชสวนหนองคาย มีพื้นที่รับผิดชอบประมาณ 1,184 ไร่ ปัจจุบันได้แบ่งพื้นที่คืนให้ราษฎรเข้าครอบครองทำกิน 200 ไร่ คงเหลือพื้นที่ประมาณ 948 ไร่ ขณะนี้กำลังอยู่ระหว่างการขอขึ้นทะเบียนเป็นที่ราชพัสดุ
เมื่อวันที่ 14 เมษายน 2530 ศูนย์วิจัยพืชสวนศรีสะเกษ และสถานีทดองพืชสวนนครพนมได้เริ่มบุกเบิกพื้นที่ ซึ่งในระยะแรกจัดทำเป็นแปลงผลิตพันธุ์พืชสวนโครงการอีกสานเขียว และวันที่ 22 มีนาคม 2533 ได้รับการจัดตั้งเป็นสถานีทดลองพืชสวนหนองคายในปี 2542ได้รับการจัดตั้งเป็นศูนย์วิจัยพืชสวนหนองคาย และเมื่อวันที่ 11 กรกฎาคม 2548 ได้รับการจัดตั้งให้เป็นศูนย์วิจัยปาล์มน้ำมันหนองคายและวันที่ 27 มีนาคม 2552 ได้รับการจัดตั้งเป็น “ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเกษตรหนองคาย” สังกัด สำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตร เขตที่ 3 กรมวิชาการเกษตรจนถึงปัจจุบัน