ภายในวัดมีโบราณสถานสำคัญคือ พระปรางค์ ฐานกว้าง 11 เมตร ยาว 18 เมตร ก่อด้วยศิลาแลง ด้านหน้าก่อเป็นแบบตรีมุข ตั้งบนฐานสูงซ้อนกันสามชั้น แต่ละชั้นย่อมุมไม้ยี่สิบ มีปูนปั้นประดับลวดลายตามขั้น ตอนล่างแถบหน้ากระดานและบัวหน้ากระดานเป็นลายหงส์ เหมือนกับองค์ปรางค์ที่วัดพระศรีรัตนมหาธาตุ จังหวัดลพบุรี สมัยที่ยังสมบูรณ์อยู่มีกำแพงแก้วล้อมรอบ ใกล้เคียงกันมีมณฑปพระพุทธบาทจำลองซึ่งสมเด็จพระนารายณ์มหาราชได้โปรดให้สร้างขึ้น แผ่นจารึกที่ฝังอยู่ภายในกำแพงมณฑปปัจจุบันมีตู้กระจกครอบเพื่อรักษาสภาพ โดยสมเด็จพระนารายณ์มหาราชได้โปรดสร้างขึ้น มีใจความสรุปได้ว่าเมื่อ พ.ศ. 2221 สมเด็จพระนารายณ์มหาราชมีพระบรมราชโองการให้ใช้ผ้าทาบรอยพระพุทธบาท สลักลงบนแผ่นหินพระราชทานไว้เป็นที่กราบไหว้ของประชาชนทั่วไป

ตัวองค์ประกอบที่ภายนอกประดับปูนและมีลายปูนปั้นตามคติโลกภูมิชั้นฐานไพที มีลายหงส์คาบสร้อยดอกไม้รอบองค์ปรางค์ที่เป็นอัตลักษณ์ ของพิษณุโลกแต่ละตัวลวดลายต่างๆกันจึงเป็นหนึ่งเดียวและมีลายไทยต้นแบบที่อ่อนช้อยลายเฟื่องอุบะ ฯลฯ ที่หาชมได้ยากนับวันจะชำรุดหายไป