โรงเรียนบ้านเนินสะอาด ก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. ๒๕๐๐ โดยนายอำเภอเมืองนครพนม ได้แต่งตั้งให้นายโอฬาร วงศ์กาฬสินธุ์ เป็นครูใหญ่ เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑-๔ มีครูจำนวน ๒ คน และมีนักเรียนแรกเข้า ซึ่งรับโอนมาจากโรงเรียนบ้านนาราชควาย จำนวน ๔๘ คน เปิดป้ายอาคารเรียนเมื่อวันที่ ๒๑ กันยายน ๒๕๐๐ โดยนายจันทร วชิรภักดี ศึกษาธิการอำเภอเมืองนครพนมเป็นประธาน

พ.ศ. ๒๕๐๔ ทางราชการใช้งบประมาณสมทบจำนวน ๑๐,๐๐๐ บาท มุงหลังคา โดยใช้แรงงานชาวบ้าน ต่อมา พ.ศ. ๒๕๐๗ ทางราชการอนุมัติเงินงบประมาณ อีก ๑๐,๐๐๐ บาท จัดทำประตูหน้าต่าง ต่อมา พ.ศ. ๒๕๒๔ ได้งบประมาณปลูกสร้างอาคารเรียน แบบ ป.๑ ฉ. จำนวน ๓ ห้องเรียน ๑ หลัง เมื่อ ๑ ตุลาคม ๒๕๒๔

วันที่ ๙ ธันวาคม ๒๕๒๖ ได้มีคำสี่ง ให้ นายยุทธนา ปุณโกวิทย์ มาดำรงตำแหน่ง ครูใหญ่โรงเรียนบ้านเนินสะอาด ขณะนั้น มีครู ๘ คน ผู้บริหาร ๑ คน จัดห้องเรียน ๖ ห้อง ตั้งแต่ ป.๑ - ป.๖ มีนักเรียน ๑๒๘ คน ต่อมา วันที่ ๒๐ มิถุนายน ๒๕๒๘ ได้งบประมาณก่อสร้างอาคารอเนกประสงค์งบประมาณปี ๒๕๒๘ เป็นเงิน ๒๐๐,๐๐๐ บาท (สองแสนบาทถ้วน)

วันที่ ๑๒ พฤษภาคม ๒๕๓๑ ได้งบประมาณ สร้างอาคารเรียนแบบ สปช. ๑๐๑/๒๖ ๑ ชั้น ๓ ห้องเรียน ราคา ๕๒๕,๐๐๐ บาท สร้างแล้วเสร็จ เมื่อวันที่ ๑๖ ตุลาคม ๒๕๓๒

๑. เด็กหญิงวรกานต์ เพ็งที ประธานสภานักเรียน

๒. เด็กชายธนากร บุญเสริฐ รองประธานสภานักเรียน

๓. เด็กชายธนกฤต คำพัน กรรมการ

๔. เด็กชายชีวานนท์ พระพรม กรรมการ

๕. เด็กหญิงสร้อยสุดา สิมมา กรรมการ

๖. เด็กหญิงพัณณิตา สมดวน กรรมการ

๗. เด็กชายทนงศักดิ์ พิมจันทร์ กรรมการ

๘. เด็กหญิงรวินทร์นิภา กองกิลิตร กรรมการ

๙. เด็กหญิงสุภัสสรา สวน กรรมการ

๑๐. เด็กหญิงจันทรา คำกลม กรรมการ

๑๑. เด็กหญิงธนาภรณ์ ทานบุญ กรรมการ

๑๒. เด็กหญิงจิดาภา หนึ่งคำมี กรรมการ