對於農藝系，很多人最常有的疑問是畢業後要幹嘛？是不是只能去種田，還是繼續唸書做研究呢？
進入研究所繼續就讀，是臺大農藝系一部分學生會選擇的選項。
對於農藝系而言，除了留在臺大農藝系繼續就讀研究所以外，進入其他生命科學、農業相關領域的研究所也是常見的選擇，或是對於有志在統計領域發展的同學，統計、資訊科學類的研究所也是一個選擇。
一部分的同學在畢業後，也會選擇出國進修，無論是農業或是其他領域，都是很好的決定。
研究所畢業後，投身職場或是繼續攻讀博士班，在科學研究上盡一份心力，成為研究員、教職等，都是可能的未來。
一部分的同學，在畢業後會選擇先進入職場，發揮大學所學，而研究所甚至博士班畢業後，依然會有許多人進入公部門、企業就業。
農藝系畢業的工作出路廣泛，在很多領域都能看到農藝人發光發熱，不只在農企業而已。
如果要進入公部門就職，可以選擇參加農業技術的高普考，可能分發至各級改良場、行政院農業委員會農糧署、各縣市政府農業局、各縣市鄉鎮市區公所、國軍退除役官兵輔導委員會等單位任職，薪資則可參考公務員標準。在泛公部門的部分，也有如農會、台肥、國際合作發展基金會等可以作為選擇。
私人企業的部分，台灣本土即有許多農企業可以選擇，如有系友即在農友種苗服務，國際企業也有許多農企業可以就職，例如Bayer, Syngenta等常見的國際企業。
離開農藝領域，農藝系的學生依然是有競爭力的，在統計領域上發展的學長姐們，有許多投入數據分析、金融產業來就業，或是進入資訊工程領域，轉型科技新貴，也有系友在畢業後投入農業媒體工作，以專業背景為農業發聲。而創業，當然也是農藝系的選擇之一，如禾餘麥酒便是本系系友所創立的精釀啤酒品牌。
農藝系畢業，除了種田以外，其實還是有很多就業的選擇。