自治會對外代表最高機關為總會,總會設有總會長,為總會代表中由全校學生選舉產生,總會代表由兩校區學生會、學生議會中各推派三人擔任,行使大學法所課予全校學生對外代表性之學生自治事項。
學生法庭為由各校區會長提名,經各校區學生議會同意後任命之法官組成,其職權行使具全校性,各機關對其針對章程、法律所為之解釋或判決有遵守之義務。
為使各校區學生能更受學生自治完整保障及接近,總會針對各校區分設行政機關(學生會)、立法機關(學生議會),兩校區各機關互相獨立(章程第24條),在章程架構下,關於兩校區共同適用之規定,皆需經兩校區學生議會通過始生效力(章程第25條)。
依《國立臺北大學學生自治會組織章程》第45條之規定,凡立法權限屬於臺北校區學生會者,皆為本會所掌,而具體職權行使內容依照章程第47條各款及其子法之規定,有審議法規案、預算案、決算案、彈劾提案之權,議決學生會部長、副部長、常務副會長、學生法官人事同意權等,並監督臺北校區學生會施政、本校各級會議學生代表所代表發言、提案、動議或其他會議事項推動之權。