1902年、米国より派遣された宣教師クックが会津若松市行仁町の民家を礼拝堂兼住宅として「聖多馬(トマス)教会」と命名し宣教が始まる。1908年に現在の馬場町に移転し、メードレー夫人が地域の貧しい子供達の救済目的もあり若松聖愛幼稚園を開園。1926年に階下が園舎、2階が聖堂の木造2階建ての聖堂を建築。長きに渡り地域に愛されてきたが東日本大震災により解体を余儀なくされた。

現在は歴史深い城下町で信徒数14名、幼稚園新園舎のホールにて礼拝堂再建を祈りながら礼拝を守っている。