หน้าที่ของผู้ประกอบการจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่ม มีดังนี้
1. เรียกเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มจากผู้ซื้อสินค้าหรือผู้รับบริการ
2. ออกใบกำกับภาษี 2.1 ผู้มีหน้าที่ออกใบกำกับภาษี 2.2 การออกใบกำกับภาษีด้วยกระดาษ 2.3 การออกใบกำกับภาษีด้วยอิเล็กทรอนิกส์
3. จัดทำรายงานตามที่กฎหมายกำหนด ซึ่งได้แก่ 3.1 รายงานภาษีซื้อ 3.2 รายงานภาษีขาย 3.3 รายงานสินค้าและวัตถุดิบ
4. ยื่นแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่มช่องทางการยื่น 4.1 การยื่นแบบฯ และชำระภาษีผ่านอินเทอร์เน็ต 4.2 การยื่นแบบฯ และชำระภาษีที่สำนักงานสรรพากรพื้นที่สาขา 4.3 การยื่นแบบฯ และชำระภาษีที่ธนาคารพาณิชย์ไทย 4.4 การยื่นแบบฯ และชำระภาษีที่สำนักงานสรรพสามิตพื้นที่ 1-5 และสำนักงานสรรพสามิตสาขาสำหรับผู้ประกอบการที่ขายสินค้าหรือให้บริการที่ต้องเสียทั้งภาษีสรรพสามิตและ ภาษีมูลค่าเพิ่ม 4.5 การยื่นแบบใบขนสินค้าขาเข้าและชำระภาษีมูลค่าเพิ่มพร้อมกับการชำระอากร ขาเข้าตามกฎหมายว่าด้วยศุลกากร ณ ด่านศุลกากรที่มีการนำเข้าสินค้าสำหรับผู้ประกอบการจด ทะเบียนหรือผู้นำเข้าที่นำเข้าสินค้า