本系採系所合一,設有大學部、日間教育心理與輔導碩士班、夜間社區諮商與教育碩士在職專班。其中「教育心理與輔導」日間碩士班(心輔所)成立最早,係由本校(時為屏東師範學院)「初等教育學系」(現教育學系)提出系所調整案,於民國87學年正式成立,為本校最早成立的研究所之一,亦為台灣最早成立的教育心理與輔導研究所之一。當時心輔所的三位教授係由初等教育學系兩位具心理背景及一位具輔導諮商背景的老師轉任。隔年,民國88學年,教育心理與輔導所增設夜間輔導教學碩士班,提供國小教師提升輔導知能的進修管道。之後,為因應社會對國小專業輔導老師的需求(民國90年心理師法正式公布實施),90學年度本校再次由當時的初等教育學系提出調整案,將其中大學部的一班(輔導組)轉型為「教育心理與輔導學系」四年制的大學部,同時,該系具教育心理及輔導諮商背景的教師也一併轉任至心輔系。此時,本系正式走向系所合一,完整的包含四年制的大學部、日間碩士班及夜間碩士班。之後,由於國小輔導教師已有正式的培育管道,且為了回應社會對社區終身輔導人才及終身學習教育人才的殷切需求,本系於105學年停招夜間輔導教學碩士班,並將其調整為社區諮商與教育碩士在職專班,招生對象從國小教師擴及至社區現職或未來對助人工作感興趣的人士,針對在地族群及社區的需求,提供諮商與輔導、教育及推廣人才的培育。