โรงเรียนบ้านหนองปรือ ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๕ สิงหาคม พ.ศ. ๒๔๘๔ โดยนายอำเภอเมืองสุพรรณบุรีและประชาชนบ้านหนองปรือ ปัจจุบันตั้งอยู่หมู่ที่ ๗ ตำบลสระแก้ว อำเภอเมืองสุพรรณบุรี จังหวัดสุพรรณบุรี รหัสไปรษณีย์ ๗๒๒๓๐

วันที่ ๑ ตุลาคม พ.ศ.๒๕๐๙ โอนการศึกษาประชาบาลไปสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัด เริ่มแรกเปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๔

ในปี พ.ศ.๒๕๑๖ เปิดสอนถึงระดับชั้นประถมศึกษาตอนปลายคือ ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๗

พ.ศ. ๒๕๒๓ โรงเรียนโอนมาสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ ภารกิจสำคัญของโรงเรียน คือ จัดการศึกษาระดับประถมศึกษาภาคบังคับ ตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ถึง ๖ มีพื้นที่เขตบริการ หมู่ ๗ ตำบลสระแก้ว อำเภอเมืองสุพรรณบุรี จังหวัดสุพรรณบุรี ปัจจุบัน สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสุพรรณบุรี เขต ๑ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ

พ.ศ. ๒๕๔๖ โรงเรียนได้รับอนุมัติการจัดสรรงบประมาณในการก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สพฐ.๑๐๕/๒๙ จำนวน ๑ หลัง ขนาด ๔ ห้องเรียน ใต้ถุนโล่ง

พ.ศ. ๒๕๕๖ ได้รับอนุมัติการจัดสรรงบประมาณต่อเติมใต้ถุนอาคารเรียนเป็นห้องเรียน ๑ ห้องเรียนและห้องประชุมอีก ๑ ห้อง