تتمثل رسالة متحف الحضارة الافتراضي في الاستفادة من التقنیات الحدیثة وتوظیفھا في تعریف الأجیال القادمة بالتراث الحضاري المصري للمساهمة في التنمية والتوعية في المجالات الثقافية والاجتماعية والصحية والبيئية والاقتصادية لجميع فئات المجتمع بما فيهم ذوي الاحتياجات الخاصة وذلك بالاستخدام الأمثل لموارد وقدرات وأصول المتحف.