目標為評估計畫可行性、需求性及對生態環境衝擊程度，以防洪安全為主要考量，決定採不開發方案或可行工程計畫方案。作業原則如下：

(1)蒐集計畫施作區域既有生態環境及議題等資料，並由生態背景人 員現場勘查記錄生態環境現況及分析工程計畫對生態環境之影響。

(2)依工程規模及性質，計畫內容得考量替代方案，並應將不開發方案納入，評估比較各方案對生態、環境、安全、經濟及社會等層面之影響後，決定採不開發方案或提出對生態環境衝擊較小之可行工程方案。

(3)邀集生態背景人員、相關單位、在地民眾及關心相關議題之民間團體辦理現場勘查，溝通工程計畫構想方案及可能之生態保育原則。

(4)決定可行工程計畫方案及生態保育原則，並研擬計畫核定後各階段生態檢核所需作業項目及費用(如必要之物種補充調查、生態保育措施、監測、民眾參與等)。

目標為生態衝擊之減輕及因應對策之研擬，決定工程配置方案。作業原則如下：

(1)組成含生態背景及工程專業之跨領域工作團隊，辦理生態資料蒐集、棲地調查、棲地評估、指認生態保全對象，並視需求辦理物種補充調查。

(2)根據生態調查及評析結果，並依迴避、縮小、減輕及補償之順序，研擬生態保育措施，提出合宜之工程配置方案。

(3)邀集生態背景人員、相關單位、在地民眾及關心相關議題之民間團體辦理規劃說明會，蒐集整合並溝通相關意見。

目標為落實規劃作業成果至工程設計中。其作業原則如下：

(1)組成含生態背景及工程專業之跨領域工作團隊，根據生態保育對策辦理細部之生態調查及評析工作。

(2)根據生態調查、評析成果提出生態保育措施及工程方案，並透過生態及工程人員之意見往復確認可行性後，完成細部設計。

(3)根據生態保育措施，提出施工階段所需之環境生態異常狀況處理原則，以及生態保育措施監測計畫與自主檢查表之建議；並研擬必要之生態保育措施及監測項目等費用。

(4)可邀集生態背景人員、相關單位、在地民眾及關心生態議題之民間團體辦理設計說明會，蒐集整合並溝通相關意見。

目標為落實前兩階段所擬定之生態保育對策、工程方案及監測計畫，確保生態保全對象、生態關注區域完好及維護環境品質。

作業原則如下：

(1)開工前準備作業：

1.組織含生態背景及工程專業之跨領域工作團隊，以確認生態保全對象、生態保育措施實行方案及環境生態異常狀況處理原則。

2.辦理施工人員及生態背景人員現場勘查，確認施工廠商清楚瞭解生態保全對象位置，並擬定生態保育措施及環境影響注意事項。

3.施工計畫書應考量減少環境擾動之工序，並包含生態保育措施及其監測計畫，說明施工擾動範圍(含施工便道、土方及材料堆置區)，並以圖面呈現與生態保全對象之相對應位置。

4.履約文件應有生態保育措施自主檢查表、生態保育措施監測計畫及生態異常狀況處理原則。

5.施工前環境保護教育訓練計畫應含生態保育措施之宣導。

6.邀集生態背景人員、相關單位、在地民眾及關心生態議題之民間團體辦理施工說明會，蒐集整合並溝通相關意見。

(2)確實依核定之生態保育措施執行，於施工過程中注意對生態之影響。若遇環境生態異常時，啟動環境生態異常狀況處理，停止施工並調整生態保育措施。生態保育措施執行狀況納入相關工程督導重點，完工後列入檢核項目。

目標為維護原設計功能，檢視生態環境恢復情況。

作業原則：定期視需要監測評估範圍之棲地品質並分析生態課題，確認生態保全對象狀況，分析工程生態保育措施執行成效。