La página de instalación de FSL es:
https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation
Curso oficial online: https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fslcourse/
También recomendamos instalar MRIcron: https://www.nitrc.org/projects/mricron
A continuación, copiamos algunas soluciones que encontramos el año pasado, para Linux, Windows y Mac
NUNCA INSTALAR en carpetas cuyo nombre tenga espacios!!
Descargar el archivo de python fslinstaller.py
Ir a la carpeta de descarga (desde la terminal) cd ../Downloads (por ejemplo)
Hacer python2.7 fslinstaller.py (Van a tener que tener python instalado o instalarlo)
Elegir la ubicacion de instalacion como /usr/local/fsl
Si no se puede acceder, es posible que haya que definir FSLDIR: en ~/.bashrc
y agregar
FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
(Ver https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/ShellSetup)
Realizar los mismos pasos. Hay algunos problemas comunes:
Problema: [SSL: CETIFICATE_VERIFY_FAILED]
Soluciones:
pip install --upgrade certifi
sudo /usr/bin/python2.7 fslinstaller.py
export PYTHONHTTPSVERIFY=0
Luego hacer python your_script (en nuestro caso, python fslpython.py)
Otro problema: Se instala correctamente (en /usr/local/fsl) pero no se puede abrir, porque FSLDIR no está definido:
Definir FSLDIR en el archivo correcto de la terminal como indica en el instructivo (https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/ShellSetup).
Si usas zsh
Hacer sudo nano ~/.zprofile
NO BORRAR NADA
Y agregar
FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
Cerrar la terminal y volver a abrirla.
Mac: cannot show Display
Solución: Instalar Xquartz
La mejor solución para instalar va a depender de tu computadora.
Si las instrucciones oficiales funcionan, perfecto.
Sino,
Si tenés mucho espacio en el disco rígido, hace una partición de Linux
Sino crea una maquina virtual
Sino usa un docker (mas difícil pero requiere menos espacio).
fsl: command not found
Puede probarse lo siguiente en la consola de ubuntu:
echo "FSLDIR=/usr/local/fsl" >> ~/.bashrc
echo ". ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh" >> ~/.bashrc
echo "PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}" >> ~/.bashrc
echo "export FSLDIR PATH" >> ~/.bashrc
Qué es $FSLDIR? Es el valor de la variable FSLDIR, que indica donde están los programas y archivos de fsl. Por default, es /usr/local/fsl, (si decidieron instalar fsl en otra carpeta, reemplazar “/usr/local/fsl” por la carpeta que eligieron).
Donde están los archivos de windows? (En la maquina virtual)
Están en mnt/c/Users/Linux/Documents/…
Otra opción ofrecida por un estudiante: “Para encontrar los archivos, se abre el Shell de Linux desde la carpeta que contenga los archivos que se quieran visualizar. Se presiona Shift + Clic derecho y se selecciona la opción "open with Linux Shell". Aparece una consola desde la cual se ejecutará el FSL. Cuando se hace esto los archivos que están contenidos en la carpeta seleccionada podrán ser vistos por el software”.
Could not find libquadmath
sudo aptitude install libquadmath0 (Debian/Ubuntu)
En vez de aptitude pueden usar apt o apt-get.
yum install libquadmath0 (otras distribuciones)
Coludn’t connect to display
(Respuesta de otro estudiante)
Para conocer la versión instalada se puede utilizar el siguiente comando en la consola de windows o PowerShell:
wsl --list --verbose
En caso de poseer la versión 1, es correcto instalar XMING, utilizar el siguiente código mencionado en uno de los pasos
echo "export DISPLAY=localhost:0.0" >> ~/.bashrc
En caso de poseer la versión 2, se debe instalar el software VcXsrv (https://sourceforge.net/projects/vcxsrv/files/latest/download). Este software nos creará el ejecutable XLunch, que deberá abrirse antes de ejecutar fsl, y cuidando de destildar la opción "Native OpenGL" y tildando " Disable access control". Además el código a utilizar, en lugar de echo "export DISPLAY=localhost:0.0" >> ~/.bashrc
Será
echo "export DISPLAY=$(ip route | awk '/default via / {print $3; exit}' 2>/dev/null):0" >> ~/.bashrc
echo "export LIBGL_ALWAYS_INDIRECT=1" >> ~/.bashrc
Fsleyes:
Si no anda fsleyes, pero lo demás si,
sudo apt-get install libgtk2.0-0
Solución provista por una estudiante: “Creo que el problema que pudieran tener mis compañeros es que hay que inicializar el xlaunch primero, después hay que poner estas líneas de código en la consola de ubuntu”:
export DISPLAY=$(ip route | awk '/default via / {print $3; exit}' 2>/dev/null):0
export LIBGL_ALWAYS_INDIRECT=1
y luego ahora si te deja usar fsleyes.
(Si funciona, se puede hacer un script para que cada vez que se inicie la compu, se ejecute automáticamente)