I november 1942 ble han mot sin vilje sendt til fengselet i Kiel, derfra skulle han aldri komme tilbake.
Familien får høre om Jan via brev fra hans venn Johan som også er fengslet:
- Behandlinga her i fengslet var meget slett, og Jan sammen med oss andre fikk gå igjennom meget ondt her. Til tross for dårlig behandling skriver Johan, at tyskerne aldri klarte å knekke humøret til fangene. I brevet kommer det også frem at gudstroen var viktig for dem. Under de dårlige levekårene, var det naturlig for dem å søke trøst i Gud. Blant annet holdt de motet oppe ved å lytte til ”Den Kristne Radioavis”, som ble smuglet mellom cellene. I brevet skriver Johan: - Det var som Jan sa en dag, jeg har lært meg å lese mine bønner morgen, middag og kveld og det skal jeg fortsette med hele livet, for hva er livet uten Gud?
Mye tydet også på at det var dårlig med mat i fengslet, og de drømte om bedre måltider. - Ellers vet dere at det var mat vi snakket mest om, Jan fortalte om multer og tørket reinkjøtt, ja han skulle sende meg det når vi kom hjem, så kan jeg få smake hvor godt det er.
Johan skriver videre at han husker godt den dagen Jan fikk dommen. Han forteller at klokken var kvart over fire når han kom tilbake. Jan ropte i lufteventilen at han fikk fire og et halvt år i straff.
- Det var ikke så meget, svarte jeg.
- Var ikke det meget for den sangen? svarte han.
Etter dommen var Jan nedtrykt, men håpet om hjemkomst var ikke borte. I brevet står det at han var sikker på å komme hjem igjen. Da Johan reiste fra fengslet var Jans helse god, og han var ved godt mot. Derfor var sjokket større da han mottok budskapet om hans død. Dødsårsaken framkom aldri, det er derfor uvisst for familien hva Jan døde av.
Jans familie ble evakuert til Bjarkøy i Troms under krigen. Da de kom tilbake, gjorde de som mange andre og gravde opp verdifulle gjenstander som de hadde gjemt. Brevene fra Jan var gravd ned i en av oldemors kister. Heldigvis fant de dem, de er blitt tatt godt vare på av familien, som det siste minne de har etter Jan.