Pada tahun 1596, armada pertama Belanda yang dipimpin oleh Cornelis de Houtman tiba di Banten, Jawa Barat. Tujuan mereka adalah mencari rempah-rempah, terutama lada, yang sangat bernilai di Eropa.  Di awal, Belanda diterima baik oleh Sultan Banten. Namun, hubungan memburuk karena perilaku kasar para pelaut Belanda. Ekspedisi ini dianggap kurang berhasil secara komersial tetapi memberikan informasi penting tentang perdagangan di Nusantara. 

Belanda menyadari potensi besar perdagangan di Nusantara. Untuk menghindari persaingan antar pedagang Belanda sendiri, pada tahun 1602, mereka mendirikan Vereenigde Oost-Indische Compagnie (VOC). VOC diberi hak monopoli perdagangan, membentuk angkatan bersenjata, menjalin perjanjian dengan penguasa lokal, dan mendirikan benteng. VOC menjadikan Batavia (Jakarta) sebagai pusat operasionalnya pada 1619 setelah merebut Jayakarta dari Kesultanan Banten. 

Belanda menggunakan strategi perdagangan dan kekerasan untuk mendominasi. Mereka memonopoli perdagangan rempah-rempah di Maluku, terutama cengkeh, pala, dan lada.

Benteng-benteng seperti Fort Victoria di Ambon dibangun untuk memperkuat kontrol mereka.Perlawanan lokal, seperti dari Sultan Baabullah di Ternate, sering dihadapi dengan kekerasan brutal.