Masashi Kishimoto nació en la prefectura de Okayama, Japón el 8 de noviembre de 1974, junto a su hermano gemelo menor, Seishi Kishimoto. Durante su infancia, Kishimoto mostró interés por los personajes de dibujo animado.
El primer manga que envió al semanario Shukun Shonen Jump, se titulaba Karakuri (Mecánico) que fue presentado en 1995. Esto le valió una mención honorífica en Shueisha del mensual "Hop Step Award" en 1996, otorgado a prometedores artistas de manga novato. Tras esto, se le asignó un editor, kosuke Yahagi, y trabajó en una serie de proyectos rechazados.
Tiempo después publicó el episodio piloto de lo que sería su mayor éxito: Naruto, donde narraba la historia de Naruto Uzumaki, un joven que tenía encerrado en su interior al demonio de las nueve colas que fue encerrado por el Cuarto Maestro Hokage, ubicada en la zona montañosa (Monte Oinari) en una ciudad moderna con la misión de encontrar a "un amigo de verdad" en el que pueda depositar su confianza; para demostrarle a Naruto que las personas y la amistad no son tan malas como él piensa. Siendo publicado en 1997 en Akamaru Jump Summer fue bien recibido, pero resultó difícil volver a trabajar en una serie continua. Después, esto dio luz el 21 de septiembre 1999 como manga semanal a través de la Weekly Shonen Jump.
Con esto recibió buenas críticas; y así comenzó a dedicarse a Naruto, aunque cambió gran parte de la trama de la serie, donde narra las aventuras de Naruto Uzumaki y sus compañeros de grupo Sasuke Uchiha y Sakura Haruno. Se ha reconocido que muchas de las caracteristicas y rumbos que el autor fue tomando para la serie los realizo tras comentarios con su editor, por ejemplo la adición de un rival el cual terminó siendo Sasuke Uchiha y tras ello los demas genin´s.
Kishimoto es el creador de una corriente moderna del ninja japonés, totalmente diferente de lo que se conoce a nivel cultural. Ese fue uno de los factores más relevantes para que su obra se convirtiera en uno de los mangas más populares a nivel mundial de los últimos años.
Entrevista a Masashi Kishimoto, en japones, mientras dibuja a Naruto y Sasuke.