Publications

* Co-first author. †Corresponding author. See also my Google Scholar profile.

[1] Journal Articles

4.    Naoki Konno†, Shintaro Maeno, Yasuhiro Tanizawa, Masanori Arita, Akihito Endo & Wataru Iwasaki†. Evolutionary paths toward multi-level convergence of lactic acid bacteria in fructose-rich environments. Communications Biology, 7, 902 (2024).

3. Naoki Konno†, Wataru Iwasaki†. Machine learning enables prediction of metabolic system evolution in bacteria. Science Advances, Vol. 9, Issue 2. eadc9130 (2023). Press Release / Talk movie (English) / Talk movie (Japanese)

2. Nanami Masuyama*, Naoki Konno*, Nozomu Yachie†. Molecular Recorders to track cellular events. Science, Vol. 377, Issue 6605, 469-470 (2022). 

1. Naoki Konno, Yusuke Kijima, Keito Watano, Soh Ishiguro, Keiichiro Ono, Mamoru Tanaka, Hideto Mori, Nanami Masuyama, Dexter Pratt, Trey Ideker, Wataru Iwasaki & Nozomu Yachie†. Deep distributed computing to reconstruct extremely large lineage trees. Nature Biotechnology, Vol. 40, 566-575 (2022). Press Release / Cover Art / Movie

[2] Japanese Reviews

4. 今野直輝, 岩崎渉, 「機械学習による細菌の代謝システムの進化予測」、Bioscience and Industry、Vol. 81 No.6、2163-2166 (2023) 

3. 今野直輝, 谷内江望, 「巨大細胞系譜推定を可能にする深層分散コンピューティング」、実験医学、Vol. 40 No.13、2163-2166 (2022) Number of access Top-3 in 2022

2. 今野直輝 (谷内江研究室編) 「ブレークスルーを狙うバイオテクノロジー　進化生物学に触発されたバイオテクノロジー②」 実験医学、Vol.37 No.18、3159-3167 (2019)

1. 今野直輝 (谷内江研究室編) 「ブレークスルーを狙うバイオテクノロジー　進化生物学に触発されたバイオテクノロジー①」 実験医学、Vol.37 No.14、2362-2368 (2019)

[3] Books

1. Yachie N, Masuyama N, Seki M, Yamamoto-Evans D, Ishiguro S, Mori H, Sakata R, Konno N, Matsuo H & Kijima Y. “Augmented Biology—the next X” (written in Japanese) Edited by Nozomu Yachie (2021) Yodosha, ISBN 978-4-7581-2252-8

[4] Essays

1. 今野直輝、「生命の進化・発生の過程を計算機で解く」理学部ニュース、東京大学、2022.