Periodo prehispánico

Cerro Baúl, lugar donde prevaleció la cultura Huari.

El primer sitio arqueológico en la ciudad de Moquegua proviene probablemente de los asentamientos de Ichuña, ubicados a los 3883 msnm, que muestran restos de rústicos habitáculos y talleres líticos correspondientes a lo que habría sido uno de los más tempranos asentamientos de cazadores-recolectores en proceso de transición a la vida sedentaria (3500 a. C.).

Los antiguos habitantes de esta zona iniciaron un importante proceso de culturización que se proyectó hacia la zona litoral hacia 1500 a. C., donde ejercieron sus primeros establecimientos en el valle de Moquegua, pero que se vio interrumpido a partir del siglo II anterior a nuestra era por la presencia de sucesivas migraciones expansivas cordilleranas.

Entre estas migraciones tenemos a Los Uros o Puquinas, importante cultura del sur del Perú, dedicados a la y a la caza de aves, expertos navegantes en balsas rudimentarias, hablantes de unos de los tres idiomas más importantes del imperio incaico (el quechua, el aimara y el puquina).

Por los años 350 a 400 sufrieron los efectos de terribles fenómenos atmosféricos y continuas ausencias de lluvias, sumándose a ello las conflictivas persecuciones de que eran víctimas por parte de los aguerridos aimaras que se apoderaron de las escasas tierras que consiguieron cultivar con las aguas que podían obtener del lago Titicaca o de escasos ríos de la Cordillera. Por todo ello, determinaron su éxodo hacia la costa.

Habitaban en el altiplano en los alrededores del lago Titicaca y el lago Aullagas, de donde se expandieron a todo el sur peruano. Actualmente se mantienen algunos Uros que conservan sus costumbres y tradiciones milenarias como en los tiempos de los españoles sin que fueran a llegar a ser conquistados.

Fundaron las primeras poblaciones como Ichuña y Puquina, esta última llamada así por el nombre de su lengua. Al parecer fueron pocos los que se dirigieron a Moquegua y a tierras arequipeñas, formando diferentes agrupaciones en los actuales pueblos de Chiguata, Chacarato, Paucarpata, Sabandía, Yarabamba, Socabaya y otros, avanzando por el curso del río Tambo. Llegaron luego a la costa y de ahí a Ilo, cuya bahía permitía dar satisfacción a sus costumbres ancestrales acuáticas y a la construcción de embarcaciones.

Valle de Moquegua, hogar de los primeros asentamientos.

Durante el Siglo ii, llegaron los Aymaras, cultura proveniente de los alrededores del lago Titicaca en el altiplano, iniciando sangrientas batallas para apoderarse de estos territorios; ejercieron gran influencia como portadores de elementos y técnicas agrícolas más avanzadas.

La influencia aimara en Moquegua, puede observarse en diferentes palabras que en la actualidad identifican a diferentes pueblos y ciudades en toda la región. Ejemplos: Moquegua, Samegua, Charsagua, Yaragua, Escapagua entre muchísimos otros.

También hubo una pequeña influencia quechua, una pequeña tribu del sur del Perú. Su idioma era el quechua que también lo hablaban los naturales del Cuzco (los incas) que desde tiempos remotos vivían en los valles de Abancay y Andahuaylas y la región comprendida entre el Apurímac y las pampas de Ayacucho de donde fueron expulsados por sus enemigos los Chancas,16​ ejercieron una importante influencia sobre las culturas locales de Moquegua.

Según el relato del cronista Garcilaso de la Vega, fue el inca Mayta Cápac que probablemente ejerció su mandato durante los años 1114 al 1152, quien organizó la expedición militar imperial que extendió su dominio hasta parte del litoral, incluyendo a Moquegua en el tahuantinsuyo.