โรงเรียนมัธยมวัดธาตุทองแบ่งการบริหารงานออกเป็น 8 กลุ่มงาน ดังนี้

1. งานแผนงานและประกันคุณภาพ

2. งานวิชาการ

3. งานกิจการนักเรียน

4. งานบุคคล

5. งานธุรการ

6. งานการเงินและพัสดุ

7. งานบริการสถานที่และสิ่งแวดล้อม

8. งานชุมชนและภาคีเครือข่าย