MTs Al Hikmah Cipelem berdiri sejak tanggal 31 Juli tahun 1999, mulanya bernama MTs Al Ikhsan. Terletak di Jalan Desa Cipelem Kecamatan Bulakamba Kab. Brebes. Mula-mula satu atap dengan Madrasah Diniyah Hidayatul Mubtadiin, Desa Cipelem. Pada tahun 2003 MTs Al Ikhsan melalui Yayasan Pendidikan Pondok Pesantren Al Hikmah Bumiayu mendapatkan bantuan dari Bank Dunia berupa Unit Sekolah Baru (USB). Kemudian tahun 2003 pindah di jalan Kemuning, sedangkan bangunan di jalan Desa Cipelem (Depan Masjid Cipelem) dipergunakan hanya untuk Madrasah Diniyah.
Sejak saat bantuan Bank Dunia diberikan MTs Al Ikhsan yang dikelola/diselenggarakan oleh Yayasan Al-Ikhsan kemudian berganti nama dengan MTs Al Hikmah yang dikelola/diselenggarakan oleh Yayasan Pendidikan Pondok Pesantren Al Hikmah.
Sejak tahun 1999 sampai sekarang , MTs Al Hikmah Cipelem sudah mengalami pergantian kepala madrasah:
HM. Djauhari
Drs. A. Rifa’i
Dra. Oom Siti Romlah
H. Ghofar Mughni, SP., M.Si
Ir. H. Syatori, M.Si
H. Mustahiq, S.Ag, M.Pd.