Program Homeroom merupakan satu program kekeluargaan yang dilaksanakan di semua MRSM di seluruh negara. Melalui program ini, setiap pelajar ditempatkan di bawah tanggungjawab seorang guru sejak hari pertama pendaftaran sehingga tamat pengajian di MRSM. Guru Homeroom berperanan membimbing, memantau dan menjaga kebajikan pelajar sebagaimana peranan ibu bapa terhadap anak mereka sendiri.