Di alam, mutiara terbentuk akibat adanya irritant yang masuk ke dalam mantel kerang mutiara. Fenomena adanya irritant ini sering juga ditafsirkan dengan masuknya pasir atau benda padat ke dalam mantel kemudian benda ini akan terbungkus nacre sehingga jadilah mutiara.
Secara teoritis, Strack 2006 mendeskripsikan terbentuknya mutiara alami terbagi atas dua bagian besar, terbentuk akibat irritant dan masuknya partikel padat dalam mantel moluska. Pada prinsipnya, mutiara terbentuk karena adanya bagian epithelium mantel yang masuk ke dalam rongga mantel tersebut. Bagian epithelium mantel ini bertugas m engeluarkan/mendeposisikan nacre pada bagian dalam cangkang kerang disamping membentuk keseluruhan cangkang.
Teori irritant mengungkapkan bahwa pada suatu saat bagian ujung mantel sang kerang dimakan oleh ikan, hal ini dimungkinkan karena kerang akan membuka cangkang dan menjulurkan bagian mantelnya untuk menyerap makanan. Saat mantelnya putus, bagian remah eptiheliumpun masuk ke dalam rongga mantel. Teori irritant juga mengungkapkan bahwa bisa saja mutiara terbentuk akibat masuknya cacing yang biasanya menempati moluska pada masa perkembangannya kemudian berpindah ke organisme lain.
Cacing ini merusak dan memasuki rongga mantel. Cacing ini tanpa sengaja membawa bagian epithelium yang ada di permukaan mantel bersamanya. Bila cacing mati dalam rongga mantel, maka cacing ini akan dibungkus oleh epithelium, membentuk kantung mutiara dan akhirnya terbentuklah mutiara. Kalaupun cacing itu bisa 18 melepaskan diri, maka epithelium yang tinggal dalam rongga mantellah yang akan membentuk mutiara setelah sebelumnya membentuk kantung mutiara. Sementara teori yang kedua adalah masuknya partikel padat ke dalam rongga mantel. Partikel padat bisa saja terperangkap di dalam tubuh kerang akibat dorongan air. Saat kerang ini tak bisa mengeluarkannya, partikel inipun bisa saja masuk ke rongga mantel. Saat dia masuk, epithelium juga ikut bersamanya. Epithelium ini akhirnya membungkus partikel padat sehingga terbentuklah kantung mutiara. Kantung mutiara ini akhirnya akan mendeposisikan nacre ke partikel padat tersebut. Namun demikian sejauh ini belum ada bukti ilmiah yang mendukung teori masuknya pasir ke dalam mantel kerang mutiara walaupun teori ini dipahami sejak lama. Dari beberapa mutiara alami yang dibedah, menunjukkan bahwa bagian inti mutiaranya bukanlah partikel padat .
Kerang mutiara jenis Pinctada sp yang banyak dijumpai di berbagai Negaraseperti Pilipina, Thailand, Birma, Australia dan perairan Indonesia, sebenarnyalebih menyukai hidup di daerah batuan karang atau dasar perairan yang berpasir.Disamping itu juga banyak dijumpai pada kedalaman antara 20 m – 60 m. Untuk perairan Indonesia sendiri jenis kerang Pinctada maxima banyak terdapat diwilayah Indonesia bagian timur, seperti Irian Jaya, Sulawesi dan gugusan laut Arafuru. (Sutaman 1993) Menurut Sutaman (1993) kondisi dan kualitas air yang berpengaruhterhadap pertumbuhan, ukuran dan kualitas mutiara adalah sebagai berikut :
a. Dasar Perairan
Dasar perairan secara fisik maupun kimia berpengaruh besar terhadap susunandan kelimpahan organisme di dalam air termasuk bagi kehidupan Kerang mutiara. Adanya perubahan tanah dasar (sedimen) akibat banjir yang menyebabkan dasar perairan tertutup lumpur sering menimbulkan kematian pada tiram terutamayang masih muda. Oleh karena itu dasar perairan yang berpasir atau berlumpur tidak layak untuk lokasi budidaya Kerang mutiara. Dasar perairan yang cocok untuk budidaya untuk budidaya Kerang mutiara ialah dasar perairan yang berkarang atau mengandung pecahan-pecahan karang. Bisa juga dipilih dasar perairan yang terbentuk akibat gugusan karang yang sudah mati atau gunungan-gunungan karang.
b. Kedalaman
Kedalaman air dilokasi budidaya mempunyai pengaruh yang cukup besarterhadap kualitas mutiara. Berdasarkan penelitian semakin dalam letak tiram yangdipelihara,maka kualitas mutiara yang dihasilkan akan semakin baik. Kedalaman perairan yang cocok untuk budidaya Kerang mutiara ialah berkisar antara 15 m s/d20 m. Pada kedalaman ini pertumbuhan Kerang mutiara akan lebih baik.
c. Arus Air
Banyak sedikitnya kelimpahan plankton sebagai makanan alami tiramsangat tergantung pada kuat tidaknya arus yang mengalir dilokasi tersebut. Kerang mutiara memiliki sifat filter feeder. Oleh karena itu Kerang mutiara akan mudah kelaparan pada kondisi arus yang terlalu kuat yang terjadi selama berjam-jam dalam sehari.
d. Salinitas
Kualitas mutiara yang terbentuk dalam tubuh tiram dapat dipengaruhi olehkadar salinitas yang terlalu tinggi, warna mutiara menjadi keemasan. Sedangkan pada kadar salinitas di bawah 14% atau di atas 55% dapat mengakibatkankematian tiram yang dipelihara secara massal. Sebenarnya Kerang mutiara ini mampu bertahan hidup pada kisaran salinitas yang luas,yaitu antara 20% – 50%.Tetapi salinitas yang terbaik untuk pertumbuhan Kerang mutiara adalah 32%– 35%.
e. Suhu
Suhu memegang peranan yang sangat penting dalam pembentukan lapisan mutiara dan pertumbuhan kerang itu sendiri. Di beberapa Negara, pertumbuhan kerang mutiara yang ideal menunjukan kisaran suhu yang berbeda-beda. Di jepang,misalnya, pertumbuhan yang terbaik berkisar antara 20 derjata celsius – 25 derajat celsius, sebab padasuhu di atas 28 derjat C menunjukan tanda-tanda yang melemah. Hal ini bisadimengerti, karena rata-rata suhu harian di jepang masih relative rendah, walupun musim panas.