Menurut Sutaman (1993), kerang mutiara terdiri dari tiga bagian yaitu kaki, bysus, mantel dan organ dalam.
a. Kaki Merupakan salah satu bagian tubuh yang bersifat elastik, terdiri dari susunan jaringan otot, dapat merenggang atau memanjang sampai tiga kali dari keadaan normal., kaki berfungsi sebagai alat gerak sewaktu muda sampai saat menemukan tempat yang cocok untuk menempel dan juga sebagai alat pembersih (Cahn 1949 dalam Winanto 1992)
b.Mantel Terdiri dari selaput (integument) yang membungkus visceral mass, mantel tergantung seperti tirai pada kedua sisi organ tubuh , terletak antara tubuh dan cangkang. Mantel mengeluarkan zat yang membentuk cangkang, pinggirnya disatu tempat membentuk inhalant dan exahalant siphon untuk masuk dan keluarnya air (Mulyanto 1987 dalam Hidayat 2008)
c. Organ dalam
Tubuh kerang mutiara ditutupi oleh sepasang cangkang yang tidak sama bentuknya, kulit sebelah kanan agak pipih, sedang sebelah kiri lebih cembung. Cangkang tersebut bersatu pada punggung (dorsal) yang dihubungkan oleh engsel (hinge) untuk membuka dan menutup cangkang.
Keterangan:
1. Bysus
2. Umbo
3. Dorsal
4. Posterior margin
5. Hasyaki pertumbuhan ventral
6. Hasyaki lama
7. Ventral
8. Anterior margin
Dorsal berbentuk datar, permukaan dorsal cangkang terdapat bagian yang berbentuk seperti tombol yang disebut umbo yang selalu mengarah ke interior, Mulyanto 1987 dalam Hidayat 2008. Bentuk luar kerang mutiara tampak seperti batu karang yang tidak ada tandatanda kehidupan. Tetapi di balik kekokohan tersebut terdapat organ yang dapat mengatur segala aktivitas kehidupan dari kerang itu sendiri. Dalam kelunakan tubuh kerang tersebut terdapat cangkang yang keras untuk melindungi bagian tubuh agar terhindar dari benturan maupun serangan hewan lain. Disamping itu, dalam cangkang yang jumlahnya satu pasang dan mempunyai bentuk yang berlainan itu terdapat mother of pearl atau lapisan induk mutiara serta nacre yang dapat membentuk lapisan mutiara. Kulit mutiara (Pinctada maxima) ditutupi oleh sepasang kulit kerang (Shell, cangkan), yang tidak sama bentuknya, kulit sebelah kanan agak pipih, sedangkan kulit sebelah kiri agak cembung. Spesies ini mempunyai diameter dorsal-ventral dan anterior-posterior hampir sama sehingga bentuknya agak bundar.
Bagian dorsal bentuk datar dan panjang semacam engsel berwarna hitam. Yang berfungsi untuk membuka dan menutup cangkang. Cangkang tersusun dari zat kapur yang dikeluarkan oleh epithel luar. Sel epitel luar ini juga menghasilkan kristal kalsium karbonat (Ca CO3) dalam bentuk kristal argonit yang lebih dikenal sebagai nacre dan kristal heksagonal kalsit yang merupakan pembentuk lapisan seperti prisma pada cangkang. Menurut bentuk cangkang bagian luar yang keras apabila dipotong atau dibelah secara melintang, maka ada tiga lapisan yang akan tampak, yaitu lapisan periostrakum yang berada paling atas atau luar, dan lapisan prismatik yang terdapat di bagian tengah. Sedangkan lapisan yang agak ke dalam yang berhubungan dengan organ dalam disebut lapisan nacre atau lapisan mutiara.
Ketiga lapisan tersebut, jika dilihat dari zat penyusunnya masing-masing adalah sebagai berikut :
Lapisan periostrakom adalah lapisan kulit terluar yang kasar yang tersusun dari zat organik yang menyerupai tanduk.
Lapisan prismatik, adalah lapisan kedua yang tersusun dari Kristal-kristal kecil yang berbentuk prisma dari hexagonal caltice.
Lapisan mutiara atau nacre adalah lapisan kulit sebelah dalam yang tersusun dari kalsium karbonat (CaCO3).
Mantel
Mantel merupakan jaringan yang dilindungi oleh sel-sel epithelial dan dapatmembungkus organ bagian dalam. Letaknya berada di antara cangkang bagiandalam atau epithel luar dengan organ dalam atau mass viseralis. Sel-sel dariepithel luar ini akan menghasilkan Kristal kalsium karbonat (CaCO3) dalam bentuk Kristal aroganit yang lebih dikenal denga nama lapisan mutiara. Sel ini juga membentuk bahan organik protein yang disebut kokhialin sebagai bahan perekat Kristal kapur. Apabila potongan mantel ditransplantasikan ke dalam tubuhtiram akan menghasilkan zat kapur
Anus
Fungsi anus yaitu bertindak sebagai saluran keluarnya zat-zat sisa makanan yang sudah tidak diperlukan lagi
Otot aduktor
Bagian dorsal terdapat otot besar yaitu otot aduktor anterior dan aduktor posterior, berfungsi menutup cangkang. Di dekat otot tersebut terdapat otot retraktor anterior dan otot retraktor posterior, berfungsi menarik kaki ke dalam cangkang. Sebelah medial otot aduktor anterior terdapat otot protaktor anterior yang berfungsi membantu menjulurkan kaki
Insang
Insang melekat pada organ-organ dalam di bagian depan dan bagian ujungnya bebas di dalam rongga mantel. Insang terdiri dari satu sumbu longitudinal dan padanya tergantung dua lembaran terdiri dari benang-benang berbulu getar. Fungsi insang yaitu bertindak sebagai saluran pernafasan.
Gonad
Gonad terletak di atas belitan usus dan berlanjut menuju saluran pendek yang bermuara dekat lubang saluran ginjal. Fungsi dari gonad bagi kerang mutiara jantan yaitu untuk menghasilkan spermatozoa sedangkan bagi betina untuk menghasilkan ovum.
6. Pea Crab (kepiting kacang)
Kepiting kacang (Pinnotheres ostreum) atau kepiting tiram (Zaops ostreus) adalah kepiting kecil bertubuh lunak yang hidup di kerang seperti tiram dan remis. Mereka adalah kleptoparasit, yang berarti mereka mencuri makanan dari inangnya untuk bertahan hidup. Begitu mereka memasuki tiram, mereka hidup di dalam insang tiram dan memakan makanan yang disaring. Karena kedua kepiting berperilaku serupa, kami akan menyebut keduanya secara umum sebagai "kepiting kacang".
7. Kaki
Merupakan salah satu bagian tubuh yang bersifat elastik, terdiri dari susunan jaringan otot, dapat merenggang atau memanjang sampai tiga kali dari keadaan normal., kaki berfungsi sebagai alat gerak sewaktu muda sampai saat menemukan tempat yang cocok untuk menempel dan juga sebagai alat pembersih (Cahn 1949 dalam Winanto 1992)
8. Mulut
Pada kerang, mulut terdapat pada ujung anterior massa viseral, terbuka dari ruang mantel. Mulut dengan palps (lembaran berbentuk seperti bibir), tidak memiliki radula.
9. Perut
Fungsi perut kerang mutiara yaitu bertindak sebagai saluran pencernaan.
10. Hinge (ligamen engsel)
Ligamen engsel adalah bagian penting dari struktur anatomi cangkang kerang, yaitu cangkang moluska kerang. Cangkang kerang memiliki dua katup dan ini disatukan oleh ligamen di tepi dorsal cangkang