MI Al-Maun Penajam didirikan pada tahun 1971 di bawah naungan Yayasan Pendidikan Al-Maun. Kehadirannya diprakarsai oleh tokoh pendidikan setempat, yaitu Bapak (Alm) Fatah dan Bapak H. Muhammad Saide, dengan visi mulia untuk menghadirkan akses pendidikan bagi anak-anak di wilayah Penajam yang pada saat itu masih sangat terbatas.
Awalnya, madrasah ini berlokasi di Jl. H. Abdul Gani RT. 006 (Gang Buaya). Selama puluhan tahun, MI Al-Maun menjadi rumah bagi generasi muda Penajam untuk menimba ilmu. Namun, pada tahun 2019, madrasah mengalami ujian berat berupa musibah kebakaran akibat konflik sosial yang menghanguskan bangunan sekolah.
Meski kehilangan gedung, semangat belajar-mengajar tidak pernah padam:
Masa Transisi: Pembelajaran sempat dialihkan ke rumah salah satu guru, Ibu Musdalipah, demi memastikan siswa tetap mendapatkan pendidikan.
Masa Menumpang: Berdasarkan arahan Dinas Pendidikan Penajam, MI Al-Maun kemudian menumpang di gedung SDN 001 Penajam selama kurang lebih satu tahun dengan sistem pembelajaran di sore hari.
Titik terang muncul pada tahun 2022 saat madrasah memperoleh lahan dan bangunan baru dari Dinas Pendidikan Penajam di lokasi saat ini (Jl. Provinsi Km. 1,5). Meski diawal perpindahan fasilitas sangat terbatas dimana siswa belajar duduk di lantai namun secara bertahap bantuan sarana berupa meja dan kursi mulai terpenuhi. Seiring berkembangnya waktu, pada tahun 2024, MI Al-Maun kembali mendapatkan penambahan 3 ruang kelas baru. Kini, MI Al-Maun telah memiliki gedung yang memadai dengan ruang kelas yang mandiri bagi setiap jenjang, siap untuk terus mencetak generasi islami yang tangguh dan berakhlak mulia.