במשך ימי המלחמה, צה"ל התמודד עם מגוון רחב של חטיפות, התקפות, ומאבקים מסודרים על מספר חזיתות. בסיני, כוחות המרכז של מצרים פוגעים באש הרבה בחול של צה"ל ומצידם כוחות חד-משמעיים וטנקים ממורכזים באזור. במקביל, בגולן, ישראל נאבקת מול כוחות סוריים המנסים להגיע לנקודות מרכזיות ואסטרטגיות. באזור המערבי, ישראל עומדת בפני גורמים מאיימים מצד ירדן, בעיקר בניסיונות להתקדם אל מעבר לנהר הירדן ולהפעיל לחץ על ערביי ירושלים המזרחית.
בתחילת המאבקים, צה"ל הצליחה לקנות משקפי זמן ברבים מהחזיתות, מאפשרת לה להתמקמות ולארגן מגן והגנה יעילים. זה הוביל לשליטה מהירה ומפתיעה על חלקים נרחבים מתוך אדמת ישראל, ובפרט בסיני, בגולן ובגדה המערבית.
ביום השלישי של מלחמת ששת הימים, ה-7 ביוני 1967, צוותי הצנחנים של צה"ל, בפיקודו של מוטה גור, פרצו לעיר העתיקה בירושלים. המטרה: לשחרר את העיר הקדושה משליטתם של הירדנים ולהביא אותה בידי ישראל.
הקרב בעיר העתיקה היה קצר, אך מככב. צה"ל התקדם במהירות מדהימה, תוך כמעט שאין לו תקפות משמעותיות מצד הירדנים. כאשר הגיעו לרגלי הר הבית, הכריז מוטה גור, מפקד הכוחות, את משפט ההסטורי: "הר הבית בידינו!". רגע זה סימן את שחרור המקום הקדוש והמרכזי ביותר ליהדות מידי הירדנים, והפך לסמל מרכזי בניצחון במלחמת ששת הימים.
לאחר שחרור הר הבית, צה"ל הניף דגל ישראל על כיפת הסלע, סמל המקום. אך זמנית, הדגל הוסר בהוראת הדרג המדיני, במטרה להפחית את התגובה המוסלמית. הר הבית נשאר בידי ישראל, אך ניהול המקום נמסר לוואקף המוסלמי, כהוראה לשמור על סטטוס קוו בפתח המקום הקדוש.
קרב רפיח, שנערך ב-5 ביוני 1967, היה אחד הקרבות המכריעים בחזית סיני במהלך מלחמת ששת הימים. הקרב החל עם מתקפה מהירה ומשולבת של כוחות השריון והחי"ר של צה"ל נגד המערך המצרי המבוצר באזור רפיח, שהיה נקודה אסטרטגית בגבול בין רצועת עזה למצרים.
חטיבה 7 של צה"ל, בפיקודו של אלוף משנה שמואל גונן (גורודיש), הובילה את ההתקפה מצפון, בסיוע ארטילרי ואווירי צמוד של חיל האוויר הישראלי. המערך המצרי כלל ביצורים חזקים ותעלות נ"ט, אך כוחות צה"ל הצליחו לפרוץ את הקווים המצריים תוך מספר שעות, כשהם מנצלים את העליונות בכוח אש ובתמרון.
התוצאה הייתה ניצחון מוחץ לצה"ל, עם כיבוש רפיח ופתיחת הדרך להמשך ההתקדמות לעומק סיני. הניצחון בקרב רפיח תרם משמעותית לניצחון הכללי של ישראל בחזית הדרומית, בכך שהוא אפשר לכוחות צה"ל להמשיך בתנועה מהירה לעבר שאר חלקי סיני ולבסס שליטה מהירה על חצי האי.