Sekolah alam di Indonesia pertama kali di gagas oleh seorang Tokoh muda Indonesia yang bernama Lendo Novo. Lendo terinspirasi oleh gagasan ayahnya tentang integrasi ilmiah ilahiah. Ayahanda Lendo, Zuardin Azzaino adalah seorang pegawai Bank Indonesia yang juga penulis buku. Zuardin berpendapat bahwa integrasi ilmiah ilahiah atau integrasi antara iman dan ilmu pengetahuan-teknologi adalah cara untuk mengembalikan kebangkitan Islam. Selama ini, umat Islam terlena dan membahas fikih saja. Selain itu umat Islam juga perlu untuk kembali memegang teguh akhlak mulia. Menurut Lendo, tujuan pendidikan dalam Islam adalah mencetak khalifatullah fil ardh. Sehingga, kurikulum sekolah alam juga bertujuan untuk mencetak pribadi yang siap mengemban amanah Allah dalam mengelola bumi ini (khalifatullah fil ardh).
Sekolah Alam ini didirikan pada tanggal 23 Februari tahun 2022 oleh Ahmad Imron, S.Si, Juma‟il Davit Lestari, Drs. Markani, M. Ali Ilyas, S.Pd, Putra Tulus Ariyanto, M.H, Bambang, S.E. Sekolah Alam HAMQA memiliki nama lengkap Sekolah Alam MI Bilingual HAMQA. Sekolah ini, berada dibawah naungan Yayasan Hamalatul Qur‟an Amanah Kota Malang. Dengan luas lahan 21,5 x 17,85 m2 , . Sekolah Alam MI Bilingual HAMQA didirikan atas dasar ikut bertanggung jawab memenuhi akan Pendidikan di kota Malang yang bercirikan Islam bilingual. Sekolah ini dimulai hanya 5 siswa yakni 3 laki-laki dan 2 perempuan. Mereka semua merupakan santri dari RUTABA (Rumah Tahfidz Balita) Sukun Kota Malang, di dampingi dengan 1 guru kelas dan 1 guru pendamping. Pada bulan April tahun 2022, lokasi sekolah Alam ditempatkan di kebun Keben Blok B, Namun dikarenakan masih dalam tahap pembangunan, maka lokasi sekolah Alam MI Bilingual HAMQA sementara ditempatkan di villa salah satu milik PEMBINA Yayasan 3 Hamalatul Qur‟an Amanah.
Pencetus nama sekolah Alam MI Bilingual HAMQA adalah ustadz Ahmad Imron yang merupakan ketua yayasan Hamalatul Qur‟an Amanah. Dengan niat berdakwah dan menyebarkan agama Allah Ustadz Ahmad memiliki optimisme yang kuat dalam mencetak generasi muda lulusan Sekolah Alam MI Bilingual HAMQA. Beliau mengadakan study banding bersama Ustadz Davit dan Ustadz Ilyas serta mengajak tim untuk turut belajar di berbagai sekolah alam yang ada di Jawa Timur. Study banding yang dilakukan adalah di Sekolah Alam Insan Mulia Surabaya, Sekolah Alam Al Ikhlas Kepanjen Malang, Pesantren At Tholabi. Selain itu, Ustadz Ahmad dan juga tim mendatangkan praktisi pendidikan dalam memberikan masukan dan arahan dalam pembentukan sekolah alam MI Bilingual HAMQA, diantaranya Prof. Wahyudi, Ustadz Acun, dan Bunda Santi. Tidak berhenti sampai disitu, Ustadz Ahmad mebuka kerjasama dengan Bapak Drajad Permadi yang merupakan Founder Pola Matika Bahagia.