Последний патрон. Глоток воздуха. Луч надежды.
— Слоган игры
Авторы Metro: Last Light решили не брать за основу сюжета события романа Дмитрия Глуховского «Метро 2034», продолжения романа «Метро 2033». Вместо этого, игра является прямым продолжением первой части с насыщенным, отчасти нелинейным сюжетом. Предположительно прологом этой игры является история «Евангелие от Артёма» из сборника «Последнее убежище».
Главным героем Metro: Last Light вновь становится Артём, которому на этот раз приходится предотвратить гражданскую войну между обитателями московского метро.
Развитие событий
Зима 2033-2034 годов кончилась, наступила весна 2034 года. Уничтожив Чёрных, орден «Спарта» перебрался в Д-6. Хан, тайком пробравшись в казармы, будит видящего кошмар Артёма и говорит, что был на пепелище улья чёрных и видел там одного из них. Хан объясняет Артёму, что уничтожение Чёрных — худшая ошибка в истории человечества. Артём и Хан отправляются к Мельнику, чтобы тот отпустил их на пепелище. Но у Мельника на этот счёт своё мнение — он приказывает увести Хана, так как не верит ему, и отправляет вместе с Артёмом свою дочь, Анну, чтобы они уничтожили последнего чёрного. Когда Анна и Артём уходят, Мельник отдаёт приказ двум своим помощникам догнать и остановить Лесницкого — рейнджера Спарты, который, тайно работая на Красную Линию, похитил чемоданчик со смертельным вирусом из хранилища Д-6 и сбежал.
Все, включая Артема, умирают от взрыва во время нападения Красной армии. После последних видений главного героя мы переносимся в будущее, в котором Аня рассказывает сыну Артема о его подвиге и обещании Темных. Что интересно, в этой концовке изначально не собирались вставлять момент, в котором мы прощаемся с Темными. Его добавили позже, так как решили, что без него концовка будет скомканной.