Marvin Sketchによる分子描画 Ⅱ
二次元の図を三次元的な図に変換
前稿では平面的な分子の描画法を紹介した．今回は二次元の図を三次元的な図に変換する方法を紹介したい．
反応式としてDiels-Alder反応を選択した．シクロペンタジエノン誘導体 (CP) と無水マレイン酸 (MA) を二次元で描いたものが左下の図である．
CPとMAを溶媒に溶かし加熱するとDiels-Alder反応を起こし，[4+2]付加体が得られる．．
二次元画像の回転
２つの分子が重なった反応直前図や生成物を描くには，三次元の遠近法を加味する必要があるため簡単ではない．本ソフトを使うと容易に描くことができる．その手順を以下に示した．
CPを選択して，点線の横にマウスカーソルを持って行き，右ボタンを押すとメニューが表示される．表の下方に表示される transformation をクリックすると右側に別表が表示される．上から３番目の Rotate in 3D を選択すると３番目の表が表示されるので，Free 3D Rotationを選択する．
CPをつまんでいろいろな方向に動かしながら，下図のように，斜め上から眺めたように見える状態へ回転する．いろいろ試行錯誤して慣れる必要がある．MAも同様に移動，変換する．
次図はエンド付加のアプローチである．
無水マレイン酸を選択して，鏡像関係の変換（２回）でエキソアプローチの図に変換できる．
F7ショートカット
3D回転は，"F7"にショートカットが用意されている，下図は3D回転した例である．
3D回転の際に表示される長方形のマーク．長方形マークを動かして分子を回転させる．
長方形マークの動きは非常に敏感である．試行錯誤でやり方を習得する必要がある．
分子のサイズが大きくなると3D化構造において遠くに位置する部分が薄れる傾向が強い．
分子の表示法の変更
ViewのStructure Displayを選択して，wireframeをstickに変更すると線幅が大きくなる．原子をBall and Stick, Spacefullにすることも可能である．
ついでに
生成物（環化付加体）の構造も平面構造を回転させて3D的画像へ変換することができるが，生成する画像は環化付加体の3D構造ではなく，原図を斜めから眺めた平面画像である．環化付加体の立体構造を得るには，フェニル，カルボニル，エチレン部位をそれぞれ移動，回転させて部分的修正を行う必要がある．
左図を３D回転させた画像
左図を部分的に修正した画像
各種の化合物について， １クリックで３D化を実行し， 3D座標を得る方法については次稿で説明したい．
参考資料
Marvin Sketch 基本機能は非商用目的の場合無料で利用することができる．
2021.6.12