Francisco Morazan

Después de su victoria en 'La Trinidad', Morazán surgió como el líder del movimiento liberal y llegó a ser reconocido por sus habilidades militares en toda América Central. Por estas razones, recibió llamados de ayuda de los liberales en El Salvador. Al igual que en Honduras, los salvadoreños se opusieron a los nuevos congresistas y otros funcionarios del gobierno elegidos por el decreto emitido el 10 de octubre de 1826. Los salvadoreños exigieron la restitución de los antiguos líderes políticos, pero el presidente Manuel Arce argumentó que esta medida era necesaria para restablecer el orden constitucional.

En marzo de 1827 el gobierno de El Salvador respondió por la fuerza militar. Tropas salvadoreñas marcharon con rumbo a Guatemala con la intención de tomarse la capital de la República y bajar de la silla al presidente. Pero el mismo presidente Arce tomó el mando de sus tropas federales y derrotó a los salvadoreños en la madrugada del 23 de marzo en Arrazola. La división salvadoreña se dispersó y los jefes huyeron. El campo quedó sembrado de cadáveres, prisioneros, armas, municiones y equipaje. Luego de estos sucesos, el presidente Arce ordenó a 2000 tropas federales al mando del general Manuel de Arzú para ocupar El Salvador. ​Este evento marcó el inicio de la guerra civil.

Mientras tanto en Honduras, Francisco Morazán aceptó el desafío propuesto por los salvadoreños. Le entregó el mando a Diego Vigil como nuevo jefe de Estado de Honduras y se fue a Texiguat, donde se preparó y organizó sus tropas con miras a la campaña militar salvadoreña. En junio de 1828, Morazán se dirigió a El Salvador con una fuerza de 1400 hombres. Este grupo de militantes se componía de pequeños grupos de hondureños, nicaragüenses y salvadoreños que aportaron sus propias herramientas de guerra. Tenían además el apoyo de los indios que servían como infantería. Algunos voluntarios seguían sus convicciones liberales, otros trabajaban para un líder político, otros simplemente esperaban obtener algo en retorno por sus esfuerzos después de terminada la guerra.

Mientras que el ejército salvadoreño se enfrentaba a las fuerzas federales en San Salvador, Morazán se colocó en la parte oriental del estado. El 6 de julio, Morazán derrotó a las tropas el coronel Vicente Domínguez en la hacienda El Gualcho. En sus memorias, Morazán describe la batalla de la siguiente manera:

Morazán se mantuvo peleando alrededor de San Miguel, derrotando a cada pelotón enviado por el general Arzú desde San Salvador. ​ Esto motivó a Arzú a dejar al coronel Montúfar a cargo de San Salvador y a ocuparse personalmente de Morazán. Cuando el caudillo liberal se dio cuenta de los movimientos de Arzú salió rumbo a Honduras a reclutar más tropas uniéndosele la Milicia de Écija. El 20 de septiembre, el general Arzú estaba cerca del río Lempa con 500 hombres en búsqueda de Morazán, cuando se enteró de que sus fuerzas habían capitulado en Mejicanos y San Salvador.

Mientras tanto, Morazán partió rumbo a El Salvador con un ejército de 600 hombres, y se estacionó en Goascorán el 2 de octubre de 1828. El general Arzú fingiendo enfermedad regresó a Guatemala, dejando sus tropas bajo el mando del teniente coronel Antonio de Aycinena. El coronel y sus tropas marchaban con rumbo a territorio hondureño, cuando fueron interceptados por los hombres de Morazán en San Antonio. El 9 de octubre Aycinena se vio obligado a rendirse. ​Con la capitulación de San Antonio, El Salvador quedó finalmente libre de tropas federales. El 23 de octubre, el general Morazán hizo su entrada triunfal en la plaza de San Salvador. Regresó a Honduras por noticias de un levantamiento en Olancho, donde dirigió una proclama a sus habitantes el 22 de noviembre de 1828. Después marchó en Ahuachapán, para organizar el ejército con miras a la liberación del territorio guatemalteco y restaurar el orden constitucional.

El 1 de enero de 1829 Morazán instaló un cuartel en Ahuachapán e hizo todo lo posible para organizar un ejército numeroso, al cual llamó el Ejército Aliado Protector de la Ley. ​ Solicitó al gobierno de El Salvador que le proporcionara 4000 hombres, pero tuvo que conformarse con 2000. Cuando estaba en condiciones de actuar en enero de 1829, envió una división al mando del coronel Juan Prem para entrar en territorio guatemalteco y tomar el control de Chiquimula. La orden fue llevada a cabo por Prem a pesar de la resistencia ofrecida por el enemigo. Poco después, Morazán desplazó a la milicia de écija cerca de la Ciudad de Guatemala bajo el mando del coronel Gutiérrez para forzar al enemigo salir de sus trincheras y causar la deserción de sus tropas. Mientras tanto, el coronel Domínguez, que había salido de la ciudad de Guatemala con seiscientos soldados de infantería para atacar a Prem, se enteró de la pequeña fuerza que contaba Gutiérrez. Domínguez cambió sus planes y se fue detrás Gutiérrez. Esta oportunidad fue aprovechada por Prem quien se trasladó de Zacapa y atacó a las fuerzas de Domínguez, derrotándolos el 15 de enero de 1829. Luego de esos hechos Morazán le ordenó a Prem que continuara su marcha con los 1400 hombres bajo su mando y ocupase el puesto de San José, cerca de la capital.

Debido a esta derrota Morazán levantó el asedio de la ciudad y concentró sus fuerzas en la Antigua. Una división de tropas federales le había seguido desde la capital bajo el mando del coronel Pacheco, en dirección a Sumpango y El Tejar con el propósito de atacarlo en Antigua. Pero Pacheco extendió sus fuerzas, dejando a algunos de ellos en Sumpango. Cuando llegó a San Miguelito el 6 de marzo, con un ejército más pequeño, fue derrotado por el general Morazán. Este incidente levantó una vez más la moral de los hombres de Morazán. Después de la victoria de San Miguelito, el ejército de Morazán compuesto por los milicianos de écija aumentan con la unión de voluntarios guatemaltecos en sus filas. El 15 de marzo, Morazán y su ejército estaban en camino de ocupar sus posiciones anteriores, fue interceptado por las tropas federales del coronel Prado en el rancho de Las Charcas. Morazán, con una posición superior, aplastó al ejército de Prado. El campo de batalla quedó lleno de cadáveres, presos y armas. Posteriormente, Morazán con la milicia de écija se movilizó a recuperar sus antiguas posiciones en Pínula y Aceytuno, y ponerle nuevamente sitio a la ciudad de Guatemala.