MAN 1 Lamongan berdiri sejak tahun 1980, bermula dari MAN Bangkalan Madura yang direlokasi ke Lamongan, kemudian berubah menjadi MAN Lamongan sebagaimana tertuang dalam Keputusan Menteri Agama (KMA) RI No. 27 Tahun 1980. Sebelum KMA RI tentang Relokasi tersebut diterbitkan, MAN Bangkalan sebagai embrio MAN Lamongan telah menyelenggarakan proses Kegiatan Belajar Mengajar di Lamongan sejak tahun pelajaran 1979. Kebijakan relokasi ini diambil sebagai upaya pemerintah untuk mengurangi/menjembatani ketidakseimbangan jumlah Madrasah Negeri, baik antar jenjang maupun antar lokasi propinsi, sebagai akibat penegerian madrasah swasta, serta alih fungsi beberapa Sekolah Agama Islam Negeri menjadi Madrasah Negeri, sebagai strategi pengembangan madrasah pada tahun 1967-1978. (Lihat Sejarah Perkembangan Madrasah, Dirjen Binbaga Islam Departemen Agama RI, Cet II, Edisi Revisi, Tahun 1999/2000). Kemudian dalam perjalanan selanjutnya Madrasah ini berubah namanya menjadi Madrasah Aliyah Negeri 1 Lamongan sebagaimana tertuang dalam Keputusan Menteri Agama RI Nomor 675 tanggal 17 Nopember tahun 2016, tentang Perubahan nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Jawa Timur. Sebelum menempati gedung milik sendiri di Jalan Veteran, Madrasah ini pada masa- masa awal perjalanannya masih harus meminjam gedung Sekolah Teknik Negeri (sekarangSMPN 4 Lamongan)sebagai tempat penyelenggaraan Kegiatan Proses Belajar Mengajar, tentu saja pelaksanaannya menunggu proses KBM di STN selesai, yakni setelah jam 12.00 WIB. Kemudian seiring dengan semakin meningkatnya jumlah siswa dan terbatasnya lokal belajar yang ada di STN, maka pada tahun kedua disamping di STN, pelaksanaan Kegiatan Proses Belajar Mengajar juga menempati gedung Kantor Departemen Agama Kab. Lamongan di Jl. KHA. Dahlan. Baru pada tahun pelajaran 1984/1985 setelah mendapatkan proyek pembangunan 1 unit gedung dengan 3 lokal belajar, 1 ruang administrasi dan guru serta 1 ruang kepala, proses KBM bisa menempati gedung sendiri di atas areal tanah seluas 3.096 M2, itupun baru 3 kelas, sementara 2 kelas lainnya masih menempati gedung Kantor Departemen Agama Kabupaten Lamongan, dan baru tahun 1985 secara keseluruhan KBM dapat dilaksanakan di gedung milik sendiri tepatnya di Jl. Veteran No 43 Lamongan. (Hasil wawancara dengan Drs. H. Rusjdi, beliau adalah PLH Kepala Madrasah sebelum ditetapkannya Kepala Madrasah Definitip dan Drs. H. Suwarno Kepala Madrasah Definitip yang pertama).