La MDIU  ofrece un plan de estudios de cuatro (4) semestres, estructurado de la siguiente manera:

Durante los primeros 2 semestres, se cursan las asignaturas orientadas a la adquisición de herramientas de análisis y representación, adicionalmente, el taller de diseño es un espacio destinado a integrar los conocimientos en el desarrollo de proyectos propios, en concordancia con los temas y problemas propuestos por los profesores de la MDIU. 

En el transcurso del tercer y cuarto semestre el programa se enfoca en la formulación y consolidación de un proyecto personal de Diseño Urbano, que se documenta en el Trabajo Final de Maestría, requisito último para optar al título de Magíster en Diseño Urbano.  

En general, el plan de estudios de la MDIU forma profesionales del Diseño Urbano ​​en una cultura de indagación y fomenta el desarrollo de perspectivas sólidas sobre el desarrollo de escenarios urbanos. El plan de estudios hace hincapié en la metodología, el diseño incremental y las herramientas de comunicación con el objetivo de preparar a los profesionales para el trabajo interdisciplinario en estudios de diseño, entidades de planeación públicas y privadas, y en equipos académicos.