El grupo de Biofisicoquímica del Departamento de Química de la Universidad Autónoma Metropolitana, Unidad Iztapalapa, convoca a estudiantes de licenciatura interesados en realizar su proyecto de titulación o tesis en el estudio del reconocimiento molecular mediante modelado molecular.
Estudiamos el reconocimiento molecular entre proteínas, ligandos y otras biomoléculas con el fin de realizar el diseño racional de antimicrobianos. Nuestro flujo de trabajo in silico incluye el modelado de proteínas, la dinámica molecular con cosolventes para identificar sitios solventes, el acoplamiento molecular masivo guiado por esos sitios, el desacoplamiento dinámico y la dinámica molecular con cálculos de energía libre. Los proyectos de titulación se desarrollan en este componente computacional.
Diseño racional de inhibidores selectivos de la ATP sintasa de patógenos ESKAPEE mediante simulaciones de dinámica molecular y cálculos de energía libre.
Modelado de proteínas y complejos proteicos con grano grueso (Martini 3 y GōMartini 3).
Estudiantes de Química, Biología, Bioquímica, Ingeniería Biomédica o carreras afines.
No se requiere experiencia previa en cómputo científico; se formará al estudiante en Linux, programación básica y simulación molecular.
Se valoran la constancia, la curiosidad científica y la disposición para aprender.
Modalidad de trabajo presencial, remota o híbrida.