Fakultas Kedokteran Universitas Palangka Raya pertama kali berdiri dengan nama Program Studi Pendidikan Dokter yakni tepatnya pada tanggal 22 Mei 2010 yang diresmikan oleh Wakil Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia.  Dalam perjalanannya Program Studi Pendidikan Dokter ini, telah melakukakan banyak kerja sama baik di bagian akademik maupun non-akademik.

Pada awal berdiri Program studi Pendidikan Dokter ini hanya menerima mahasiswa baru berjumlah 50 orang saja. Dan itupun disaring melalui beberapa utusan-utusan dari kabupaten/kota yang ada di Kalimantan Tengah ini. Penerimaan mahasiswa baru ini pun berlangsung sampai dengan tahun 2013. Akan tetapi di tahun 2014 ini, Program studi Pendidikan Dokter ini telah menerima mahasiswa baru secara umum dari seluruh Indonesia melalui jalur SBMPTN.

Awal berdiri Program Studi Pendidikan Dokter ini dipimpin oleh Ketua Program Studi Dr. dr. Ernie H. Poerwaningsih, MS dan di pertanggung jawabkan oleh Rektor Universitas Palangkaraya serta jajarannya. Barulah di tahun 2014 ini, Program Studi Pendidikan Dokter tersebut berganti nama menjadi Fakultas Kedokteran Universitas Palangka Raya.

Saat ini Fakultas Kedokteran Universitas Palangka Raya sendiri dipimpin oleh Dr. dr. Natalia Sri Martani, M.Si sebagai Dekan Fakultas, dr. Indria Augustina, M.Si sebagai Wakil Dekan bidang Akademik, Dr. Trillianty Lestarisa, M.Kes. sebagai Wakil Dekan Bagian Umum dan Keuangan, dr. Ni Nyoman Sri Yuliani, Sp.GK, AIFO. sebagai Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan dan Kerjasama. 

Fakultas Kedokteran saat ini memiliki 3 program studi yaitu: Program Studi Kedokteran Pendidikan Sarjana (PSKPS), Program Studi Profesi Dokter (PSPD), serta Program Studi Teknologi Laboratorium Medis (TLM).