ศูนย์การศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัยอำเภอไม้แก่น ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 27 เดือน
สิงหาคม พ.ศ. 2536 ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่องการจัดตั้งศูนย์บริการการศึกษานอกโรงเรียนอำเภอ ของกรมการศึกษานอกโรงเรียน โดยเริ่มแรกสำนักงานศูนย์ฯ ตั้งอยู่ร่วมกับสำนักงานศึกษาธิการอำเภอ ห้องสหกรณ์และห้องประมงอำเภอ โดยมีนายมะกาแม หยีหามะ ตำแหน่งหัวหน้าศูนย์บริการการศึกษานอกโรงเรียนอำเภอสายบุรี มารักษาการในตำแหน่งหัวหน้าศูนย์บริการการศึกษานอกโรงเรียนอำเภอไม้แก่นด้วย
ปี พ.ศ. 2540 กรมการศึกษานอกโรงเรียนได้รับโอน นายธนิต กลามอ ตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านคลอแระ อำเภอบาเจาะ จังหวัดนราธิวาส มาดำรงตำแหน่งหัวหน้าศูนย์บริการการศึกษานอกโรงเรียนอำเภอไม้แก่น และได้ตั้งสำนักงานอยู่ร่วมกับห้องสมุดประชาชนอำเภอ
ปี พ.ศ. 2541 นายอับดุลยาบาอี สาแม มาดำรงตำแหน่งหัวหน้าศูนย์ฯ ต่อจาก นายธนิต กลามอ
ปี พ.ศ. 2543 นายนิคม ฝอยทอง มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการศูนย์ฯ และ ได้ย้ายสำนักงานจากห้องสมุดประชาชนอำเภอไปเช่าอาคารเลขที่ 139-140 หมู่ที่ 1 ตำบลไทรทอง เนื่องจากกรมการศึกษานอกโรงเรียนมีนโยบายให้แยกห้องสมุดประชาชนอำเภอและศูนย์บริการการศึกษานอกโรงเรียนอำเภอ เพื่อรองรับการถ่ายโอนห้องสมุดไปสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ได้ย้ายไปปฏิบัติราชการที่ศูนย์บริการการศึกษานอกโรงเรียนอำเภอปะนาเระ
เมื่อเดือน พฤศจิกายน พ.ศ. 2548 นางสาวพักตรา อินทรโม มารักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการศูนย์บริการการศึกษานอกโรงเรียนอำเภอไม้แก่น และเนื่องจากเหตุการณ์ความไม่สงบที่เกิดขึ้นอย่างต่อเนื่องทำให้บุคลากรมีความหวาดระแวง เนื่องจากที่ตั้งสำนักงานอยู่ห่างจากศูนย์ราชการอำเภอไม้แก่นประมาณ 1 กิโลเมตร ซึ่งยากแก่การดูแลและการรักษาความปลอดภัย จึงได้ย้ายสำนักงานมาอยู่ร่วมกับห้องสมุดประชาชนอำเภออีกครั้งหนึ่ง เมื่อเดือนเมษายน พ.ศ. 2550 มาจน
วันที่ 23 เดือน พฤศจิกายน พ.ศ. 2564 นางสาวไซเราะ จะปะกิยา มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการศูนย์การศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัยอำเภอไม้แก่น
วันที่ 10 เดือน พฤศจิกายน พ.ศ. 2567 นางสาวรอฮานา ยามา มาดำรงตำแหน่งรักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้ระดับอำเภอไม้แก่น
วันที่ 17 เดือน มีนาคม พ.ศ. 2568 นางฟารีดา กาซอ มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้ระดับอำเภอไม้แก่น