Организован в 1939 году на базе казенных лесов Польши, а также лесных участков, принадлежащих отдельным землевладельцам, монастырям, банкам и пр. На 1 января 1940 года лесхоз состоял из 6 лесничеств (Волковысского, Лысковского, Мостовского, Порозовского, Росоковского и Яловского) общей площадью 58919 га и входил в Белостоцкое территориальное управление лесной охраны и лесонасаждений.

В период немецко-фашистской оккупации значительная часть документальных материалов была уничтожена, леса хищнически истреблялись. После освобождения в 1944 году, Волковысский лесхоз возобновил свою деятельность. Первое послевоенное лесоустройство лесов лесхоза произведено в 1952 году.

ГЛХУ "Волковысский лесхоз" расположен в юго-западной части Гродненской области на территории Волковысского, Свислочского, Берестовицкого, Мостовского и Зельвенского административных районов. По лесорастительному районированию леса Волковысский лесхоз относится к подзоне елово-грабовых дубрав Неманско-Подлесского лесорастительного района.