Laurent Noé homepage

🇬🇧 🆕 Please check out our computational biology book.
🇫🇷 🆕 Veuillez svp découvrir notre livre de bioinformatique.

🇫🇷 Nous proposons sur parcoursup.fr à l'université de Lille la Licence - Portail Mathématiques Informatique option Renforcé Recherche. Merci d'en consulter le programme additionnel spécifique ainsi que les modalités d'accès.

➡️ potentielle réouverture  (en général, nombre très limité de places) via les applications e-candidat ou reo-suaio de l'université de lille, pour les excellents dossiers (postuler au plus tôt, et dans tous les cas avant la fin d'année 2026 pour un éventuel accès au second semestre de 1ère année post-bac du Parcours Renforcé Recherche)

Nous proposons, deux fois par an (novembre et février), une journée d'immersion pour les lycéens (toutes disciplines confondues : il y a en une spécifique en deuxième et troisième année d'Informatique, et une également en première année de Mathématiques-Informatique) : les lycéens inscrits peuvent alors suivre une journée type (cours, TD et TPs) accompagnés par des étudiants encadrants. Le nombre de places est réduit, et nécessite une inscription préalable (voir également le site https://avouslesup.univ-lille.fr ).

➡️ la dernière journée d'immersion a eu lieu le 19 février 2026, les prochaines inscriptions auront lieu début novembre 2026 : https://immersion.univ-lille.fr/  [lycée non-partenaire : choisir "SUAIO" lors de l'inscription] 

🇬🇧 I'm an associate professor of computer science & bioinformatics at the Lille University. Most of my teaching is done within the FIL (Formations en Informatique de Lille), at the Licence Informatique (Computer Science Bachelor) de Lille. I also teach in the Master Bio-informatique.  

I'm a member of the BONSAI bioinformatics & computational biology research group located inside the CRIStAL lab (Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille), formerly the LIFL lab (Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille).

My research interests include bioinformatics, computational biology, string algorithms, text indexing, ...

• email: firstname.familyname@univ-lille.fr

• address: 

Département Informatique & FIL, Bât M3 Extension

Université de Lille - Sciences et Technologies

59655 Villeneuve d'Ascq - Cedex

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Laboratoire CRIStAL, Bât Esprit

Université de Lille - Sciences et Technologies

59655 Villeneuve d'Ascq - Cedex

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• phone: +33 3 28 77 85 66 (M3 Extension), +33 3 28 77 84 66 (ESPRIT)

• publications: hal or html

• for possible (pre)prints : scholar, rg, dblp, pubmed, arxiv, (feel free to request me copies...) 

• software: mainly on bioinfo, github

Software/Experiments

• Porechop-ABI - discovering & filtering Nanopore adapters (ab-initio method)

• SortMeRNA - filtering ribosomal RNAs in metatranscriptomic data

• SeedBLAST - Subset seed extension to protein BLAST

• SToRM - SOLiD & Illumina read mapping tool

• PATH - frameshift detection in protein sequences via back-translation

• ReBLOSUM - reduced amino-acid alphabet comparison BLOSUM matrices

• YASS - genomic comparison with transition constrained spaced seeds

• IEDERA - spaced seeds & subset seeds design tool

  • Seed design for protein,

  • Seed design for mapping Illumina and SOLiD reads + SToRM read mapper,

  • Seed design on profile HMMs for read-mapping,

  • Seed design for SVM string kernels/alignment-free distances.

  • List of spaced seeds designed on Bernoulli,Hit Integration,... models.

  • Mow seeds (Minimally-overlapping words)

Team/Lab

BONSAI team . Bioinformatics web server . CRIStAL Lab 

Current/Former PhD students

• Pierre Guyomard  (with  Maude Pupin)

• Quentin Bonenfant (with Helene Touzet)

• Chadi Saad (with Helene Touzet, Marie-Pierre Buisine, Julie Leclerc, and Martin Figeac, research engineer at CHU de Lille, now in the Qatar Precision Health Institute)

• Yoann Dufresne (with Maude Pupin, now research engineer at Institut Pasteur)

• Evguenia Kopylova (with Hélène Touzet, postdoc in The KnightLab, now in research and development at Clarity Genomics)

• Marta Gîrdea (with Gregory Kucherov, postdoc in the Michael Brudno group, now software development manager in The Hospital for Sick Children, and in Gene42)