生物醫學 (Biomedicine)：
開發以基質輔助雷射脫附飛行時間式游離質譜法 (Matrix-assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry, MALDI-TOF MS) 作為臨床醫學檢驗上診斷特定疾病之生物指標 (蛋白質/胜肽、脂質、代謝物) 的分析技術，並以MALDI-TOF MS進行分子影像 (Molecular Image)，研究各式生物指標在正常及疾病組織中之原位分佈。
乳癌指標 (Breast Cancer)
乳癌是因為乳房乳腺管細胞或是乳小葉細胞產生不正常分裂、繁殖而形成之惡性腫瘤。乳癌除了局部侵犯乳房組織外，更可能轉移到遠處組織，如：肺、骨骼、肝臟、腦等器官，而危害生命安全。
Genomic Medicine, Biomarkers, and Health Sciences. (2012, 4, 3-6)
Clin. Breast Cancer (2017, 17, 373-381)
糞便潛血指標 (Fecal Occult Blood, FOB)
大腸癌的腫瘤或息肉會受到糞便形成過程中的摩擦而流血，血液因而混合在糞便內排出，使得糞便表面含有肉眼看不出來的血液，透過糞便潛血檢查可以早期發現大腸癌或息肉等症狀。
Clin. Chim. Acta (2007, 384, 86-92)
Rapid Commun. Mass Spectrom. (2007, 21, 3311-3316)
J. Dig. Dis. (2013, 14, 474-483)
蛋白尿指標 (Albuminuria)
Ι 487911 (中華民國專利證號)
一般正常尿液因排泄系統構造的關係，尿中蛋白質應小於150毫克 (白蛋白每日排出量應小於30毫克)，尿中蛋白質高於標準值時，可能導因於是否有腎臟或心臟方面的疾病。
Rapid Commun. Mass Spectrom. (2008, 22, 3754-3760)
Clin. Chim. Acta (2012, 413, 875-882)
Clin. Chim. Acta (2013, 420, 76-81)
缺血性腦中風指標 (Ischemic Stroke)
當腦部血管有局部性的阻塞，使得依靠這條血管供給血液及營養的腦組織受損，造成腦細胞傷害、壞死、局部神經性機能障礙，稱之為缺血性中風，相較於出血性中風，缺血性中風發生機率較高。
J. Neurol. (2009, 256, 625-631)
精神疾病指標 (Mental Disorder)
是一種以表現在行為、心理活動上的紊亂為主的精神症狀。其原因可能來自外在因素如家庭、社會環境，或是患者自身的生理遺傳因素、神經生化因素等內在原因相互作用所導致的心理活動、行為、及其神經系統功能紊亂，目前臨床診斷較難有具體的疾病指標判別。
Rapid Commun. Mass Spectrom. (2009, 23, 589-598)
Clin. Chim. Acta (2013, 424, 175-181)
Rapid Commun. Mass Spectrom. (2016, 30, 2645-2649)
Clin Chim Acta (2017, 473, 75-81)
防禦素發炎指標 (Defensins)
人體免疫系統的細胞含有這些防禦素協助殺死被吞噬的細菌，具有很強的抗細菌、真菌和具外套膜病毒作用，其存於嗜中性粒細胞和幾乎所有的上皮細胞。
Rapid Commun. Mass Spectrom. (2009, 23, 3220-3226)
Anal. Methods (2010, 2, 1934-1940)
Clin. Chim. Acta (2018, 479, 212-218)
胃幽門桿菌毒性鑑定 (Bacteria Identification)
US7,750,291B2 (美國專利證號)
I 340244 (中華民國專利證號)
此菌的螺旋結構及菌上頭的鞭毛，使它能夠鑽入胃黏液而達到胃黏膜上，在黏液與黏膜之間酸度是中性的，而且此細菌本身也可以分泌尿素脢來保護自己，在胃裡面會破壞胃黏膜造成胃發炎，從急性的胃炎到慢性的胃炎它都可以一肩挑，擔任相當吃重的角色，目前已確定胃炎的重要罪魁禍首之一就是它。
Clin. Chim. Acta (2013, 424, 123-130)
糖化血色素指標 (HbA1c)
糖化血色素是最容易反映血糖濃度的指標之一，血液中的葡萄糖濃度愈高，累積的HbA1c濃度與比率也愈高，且因為紅血球的平均壽命約為3個月，所以測定血液HbA1c的百分比，就可以估計過去120天期間內的平均血糖濃度，目前是糖尿病患者控制血糖的最佳指標。一般來說，HbA1c的正常檢測參考值約為4~6%，國際間採用之糖尿病治療準則是將HbA1c控制在7%以下。
Anal. Chem. (2008, 80, 4845-4852)
影像質譜法 (Mass Spectrometry Imaging, MSI)
此分析方法可利用質譜訊號來分析物質組成，更可了解特定物質在空間中的分布情形。此分析方法之優勢即是不需要使用任何標記或抗體標誌物，即可直接在組織樣品上進行分子影像觀察與研究，並了解其分子空間分布資訊，且能找出與腫瘤發生相關之生化分子。
Anal Methods (2010, 2, 1974-1981)
Genomic Medicine, Biomarkers, and Health Sciences (2012, 4, 3-6)
Clin. Breast Cancer (2017, 17, 373-381)