Laboratorium Mikrostruktur merupakan salah satu fasilitas akademik dan penelitian yang merupakan pusat kajian dan penelitian di bidang material serta melayani jasa analisis, konsultasi dan pelatihan yang berkaitan dengan material di Jurusan Fisika, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengatahuan Alam, Universitas Negeri Makassar. 

Laboratorium ini dipimpin oleh Drs. Suaber, M.Phil., Ph.D. Adapun riset dalam laboratorium ini yaitu : 

• Geopolimer

• Keramik dan Komposit

• Superkonduktor

• Semikonduktor

• Bahan dasar

• Nanomaterial