Лабораторія була створена у 2003 році для забезпечення повноцінної науково-дослідної роботи аспірантів факультету біології, географії та екології; виконання госпдоговірних НДР та розробок в межах основного робочого часу НПП. Наукові дослідження лабораторії ґрунтуються на гербарній колекції судинних рослин, що налічує понад 12 тис. зразків, які репрезентують близько 2,5 тис. видів.
Лабораторія екології рослин та охорони довкілля була основним виконавцем 15 проектів (міжнародних, держбюджетних, госпдоговірних), а загалом лабораторія брала участь у виконанні 35 проектів.
Створено на підставі рішення вченої ради університету від 07.04.2003 року “Про відкриття науково-дослідної лабораторії екології рослин і охорони довкілля при кафедрі ботаніки” (Протокол №5). НАКАЗ №261-Д від 10.04.2003 р.