Sampai pada akhirnya masyarakat Maluku menyadari bahwa mereka sudah Lelah bertempur, dalam hal ini berbagai upaya untuk mengakhiri konflik pun segera dilakukan, beberapa orang yang terlibat dalam upaya perdamaian yakni dari petugas keamanan, pemerintahan pusat dan pemerintahan daerah. Dua pendekatan upaya dalam penyelesaian konflik di Maluku yakni yang pertama dalam bentuk pendekatan keamanan dan darurat, yang kedua yakni dalam bentuk pendekatan pemulihan dan pembangunan. Namun sayangnya dalam hal ini tidak ada strategi serta perencanaan jangka panjang baik dari pemerintah maupun dari masyarakt sipil, pendekatan penyelesaian konflik yang pertama yakni mengandalkan pihak militer yang didatangkan dari luar daerah Maluku. Sementara itu pemerintah pusat memulai perundingan damai antara kelompok Muslim dan Kristen pada Februari 2002.
Sebelum pemerintah mengadakan perundingan damai pada Februari 2002, ada beberapa upaya perdamaian dari pemerintah yang tidak berhasil. Salah satunya yakni Gubernur Maluku membentuk satuan “Tim 6” yang terdiri dari masing- masing pemimpin agama, tugas mereka yakni menghentikan adanya kekerasan yang terjadi di Ambon dan mencegah terjadinya penghancuran symbol- symbol keagamaan seperti gereja dan masjid, juga mencegah terjadinya penghancuran rumah- rumah warga. Mereka dibentuk untuk berkomitmen dalam upaya perdamaian, tetapi sayangnya dalam hal ini justru sebaliknya, mereka diduga terlibat dalam kekerasan. Adanya bentukan “Tim 6” tadi tidak berpengaruh dalam upaya perdamaian. Alhasil perdamaian yang ditempuh dengan cara seperti ini pun gagal.
Sementara itu, bantuan yang diberikan pemerintah juga bermasalah. Tidak adanya dukungan dari militer dalam mendistribusikan bantuan, akhirnya persediaan makanan dan kebutuhan lainnya pun tidak dapat dibagikan. Di sisi lain, militer dalam hal ini tidak mendapatkan dukungan logistic yang cukup. Adanya pemisahan antara kelompok Kristen dan Muslim juga menjadi tantangan untuk pendistribusian bantuan. Dengan adanya hal ini, membuat pemerintah lebih terdorong untuk menanggapi kasus kekerasan yang berkembang di Maluku (Debora, 2011).
