วัดคลองวาฬ เริ่มสร้างในสมัยใดไม่มีหลักฐานปรากฏแน่ชัด แต่สันนิษฐานว่าสร้างมาก่อนที่จะเป็นเมืองคลองวาฬ เดิมทีวัดคลองวาฬไม่ได้ตั้งอยู่ในสถานที่ปัจจุบันนี้ แต่ได้ย้ายสถานที่ถึง 3 ครั้ง 3 แห่งก่อนที่จะมาตั้งอยู่ในที่ปัจจุบัน การหาหลักฐานที่แน่ชัดไม่ได้ก็คงเพราะเมืองคลองวาฬสมัยก่อนเป็นเมืองหน้าด่านที่ต้องรับศึกพม่าโดยตลอดทำให้การที่จะสร้างวัดให้มั่นคงถาวรเป็นไปได้ยาก แม้แต่จวนเจ้าเมืองก็ไม่ปรากฏหลักฐานแน่ชัดว่าอยู่ที่ใด ปัจจุบันวัดคลองวาฬอยู่ห่างจากเมืองประจวบคีรีขันธ์ไปทางทิศใต้ประมาณ 9 กิโลเมตร
เป็นหน่วยงานในสังกัดสำนักวิจัยและพัฒนาประมงชายฝั่ง กรมประมง กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ตั้งอยู่ที่ ๔๔๘ หมู่ที่ ๑ ตำบลคลองวาฬ อำเภอเมือง จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ห่างจากตัวเมืองประจวบคีรีขันธ์ไปทางใต้ประมาณ ๗ กม. เริ่มก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. ๒๔๙๖ โดยเมื่อเริ่มต้นมีชื่อว่า สถานีประมงจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ มีวัตถุประสงค์เพื่อรวบรวม ทดลอง และส่งเสริมการเลี้ยงปลานวลจันทร์ทะเล (Chanos chanos Forskal) ซึ่งสำรวจพบในประเทศไทยเป็นครั้งแรก ณ พื้นที่แห่งนี้