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Bardeen, Press, & Teukolsky (1972)の論文が素晴らしい件 （8/June/2023）

Google先生およびChatGPT先生にしつこく聞いても解決できない単なる個人の感想です。ここに辿り着いた方の一助となりえなくてごめんなさい🥺

『Abstractの最後の一文が最高。こんな論文を書けるようになりたひ。』

【参考文献
】

1.  Bardeen et al. (1972)

#ApJ #良い研究とは？ #良い論文 #まぁ個人の好みですけど

Mac OS X Big Surにopenmpiをインスールする（28/Sep/2021）

Google先生にしつこく聞いても解決できなかった箇所を含めて備忘録。ここに辿り着いた方の一助となれば幸いです。

1. ifortをインストール（手前の記事参照）。

2. Xcodeの最新版をApple Storeからインストール。その後、コマンドラインツールのインストールは

　　$  xcode-select --install

3. $ gcc -vと打つ。gccのversionがclangになっていることを確認。gccではconfigureは上手く行っても、make installが上手く行きません。もしMacPortsなのでgccX（Xはバージョン数）などをインスールしていたらアンインストールを勧めます。

4. .bash_profileにて環境変数の設定。

DYLD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/oneapi/compiler/2021.3.0/mac/compiler/lib"

export DYLD_LIBRARY_PATH

5. openmpi-4.1.1.tar.gzをダウンロード。解凍して、$ cd openmpi-4.1.1

6. openmpi-4.1.1の中で$ mkdir buildした後に$ cd build

7. openmpi-4.1.1の中のconfigureファイルを開いて編集する。

a. この編集作業をしないとmpif90でコンパイル時に次のようなエラーがでる。

Undefined symbols for architecture x86_64:

  "_ompi_buffer_detach_f08", referenced from:

      import-atom in libmpi_usempif08.dylib

ld: symbol(s) not found for architecture x86_64


b. 以下、configureファイルの編集（例えばNAGという文字列で検索して該当箇所を編集）。configureファイルの

darwin* | rhapsody*)

  # PIC is the default on this platform

  # Common symbols not allowed in MH_DYLIB files

  lt_prog_compiler_pic_FC='-fno-common'

  case $cc_basename in

  nagfor*)

    # NAG Fortran compiler

    lt_prog_compiler_wl_FC='-Wl,-Wl,,'

    lt_prog_compiler_pic_FC='-PIC'

    lt_prog_compiler_static_FC='-Bstatic'

    ;;

  esac

  ;;

を次のように置き換える（２箇所あるので注意）。

darwin* | rhapsody*)

  # PIC is the default on this platform

  # Common symbols not allowed in MH_DYLIB files

  lt_prog_compiler_pic_FC='-fno-common'

  case $cc_basename in

  icc* | ifort*)

    # Intel Fortran compiler

    lt_prog_compiler_wl_FC='-Wl,'

    lt_prog_compiler_pic_FC='-fno-common -fPIC'

    lt_prog_compiler_static_FC=''

    ;;

  nagfor*)

    # NAG Fortran compiler

    lt_prog_compiler_wl_FC='-Wl,-Wl,,'

    lt_prog_compiler_pic_FC='-PIC'

    lt_prog_compiler_static_FC='-Bstatic'

    ;;

  esac

  ;;

8. Configureする。

$ ../configure --prefix=/usr/local CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort

注）configureが完了するのに数分かかります。

9.  Makeする。

$ sudo make all

$ sudo make install

注）make all やmake installが完了するのに数分かかります。

10. $ mpif90 -vや $ mpirun -vでちゃんと走っているか確認して終了。無事にインストールされていれば、ifortのversionが出てくる。

【参考文献
】

1. openmpiのDLサイト

2. ifortを使った場合のconfigureファイルの編集サイト

#openmpi #ifort #mpif90 #OS X Big Sur

Mac OS X Big Surにifort (oneapi)をインスールする（28/Sep/2021）

Google先生にお伺いを立てなくても上手く行ったので備忘録。ここに辿り着いた方の一助となれば幸いです。

$ .  /opt/intel/oneapi/setvars.sh

source /opt/intel/oneapi/setvars.sh

その後、コマンドラインで、

$ source .bash_profile

$ ifort -v

ifort version 202X.X.0 

と出てくればOK。現時点での最新バージョンは、2021.3.0。

【参考文献】

1. Intel Fortran リリースノート

2. one API HPC ToolkitのMac OS版DLサイト

3. Toolkitインストール後の設定サイト

Mac Pro (OS X Big Sur)に学外からリモートでアクセスする（28/Sep/2021）

Google先生にお伺いを立てなくても上手く行ったので備忘録。ここに辿り着いた方の一助となれば幸いです。

$ sudo vi /etc/services

ssh        22/udp     # SSH Remote Login Protocol

ssh         22/tcp     # SSH Remote Login Protocol

を

ssh        XXXXX/udp     # SSH Remote Login Protocol

ssh         XXXXX/tcp     # SSH Remote Login Protocol

に変更。

日本国外（韓国）で J1-VISAを申請したので、その経験をシェア（2/July/2021） 

Google先生に聞いても日本語検索だと反応が限りなく透明に近いブルーな海街ダイアリーだったのでメモがわりに投稿。ここに辿り着いた方の一助となれば幸いです。

DS-2019というフォームの申請（USの研究大学には担当部署があるはずなのでそこに申請）申請には1年間の滞在費用を賄うスポンサー（つまり所属の大学）の証明書が必要なので、大学の事務に用意してもらう。受け入れ先の大学からも費用のサポートが出る場合はその証明書も準備。受け入れ先が用意したサイトはGoogle Chromeではワークしなかったので急遽FirefoxをDL。余談だが、FireFoxって誰が使うんだ？GCがベストではないが私的には使い勝手の良いブラウザはGC >> Safari > FireFox >> IEという並び。

I-901SEVIS Feeの支払い（DS-2019獲得後、プログラム番号とSEVIS ID番号が必要）220 USドル

アメリカ入国時に必要なのでI-901の支払い証明書は保存しておく。

プログラム番号は受け入れ先の大学が提供する固有の番号。SEVIS ID番号とともにDS-2019の書類に記載されている。DS-2019は手続きが完了すると受け入れ先の大学から郵送されてくる。重要書類なので必ず直接受け取ること。

DS-160申請の初期に作成する申請ID とログインパスワード及びログイン時のセキュリティのためのQ＆Aは必ず保存しておくこと。

申請料金がパスポートの返却郵送費も含めて約220USドルかかるので注意。


【参考文献】

DS-2109申請について https://j1visa.state.gov/participants/how-to-apply/about-ds-2019/

DS-160申請サイト https://ceac.state.gov/GenNIV/Default.aspx

アメリカ大使館（韓国）のVISA申請と手引き https://www.ustraveldocs.com/kr/kr-niv-visaapply.asp

アメリカ大使館での面接の予約について https://www.ustraveldocs.com/kr/kr-niv-appointmentschedule.asp

APSのPhysical Review Journal のTeXファイル（REVTeX 4.2c）をままコンパイルすると"revtex4-2.cls is not found"というエラーが出る件について（1/May/2020） 

Google先生に聞いても日本語検索だと反応が限りなく透明に近いスルーだったのでメモがわりに投稿。ここに辿り着いた方の一助となれば幸いです。

1. APSのサイトからrevtex4-2-tde.zipをDLする。

2. ターミナルを開いて、以下の2行を打つ。

sudo unzip revtex4-2-tds.zip -d /usr/local/texlive/texmf-local

sudo mktexlsr /usr/local/texlive/texmf-local

3. zipファイルを解凍してsampleの下にあるtexファイルをコンパイルして確認。

研究者として良い評判を得る方法（〜シンプルな１０カ条〜）（18/Nov/2019） 

Google先生に聞いても日本語検索だと反応がやや薄かったのでメモがわりに投稿。ここに辿り着いた方の一助となれば幸いです。

Ten Rules for a Scientific Reputation


京都大学基礎物理学研究所で開催する研究会のホームページを設定する方法（13/Oct/2019） 

Google先生に聞いても極めて反応が薄かったのでメモがわりに投稿。ここに辿り着いた方の一助となれば幸いです。

1. 京都大学基礎物理学研究所（以降、基研）の計算機室で研究会用のアカウントを申請。しばらくすると郵送でIDと初期パスワードが送られてくるのでキープ。

2. 基研の共同利用者ガイドのssh鍵ペアを作成と保存に飛んでssh鍵ペアを作成し保存する。これは基研のサーバーにリモートでログインするための準備手続きである（上記のIDやパスワードではいきなりログインできない）。なお、このプロセスで決めるパスワードフレーズはログイン時のパスワードになることに注意。

3.  ステップ２で保存した公開鍵を基研のホームページで登録する。ここが登録ページである。なお、ここでステップ１で得たIDとパスワードとメールアドレスを聞かれるので準備しておく。公開鍵は無事に作成されれば、/home/username/.ssh/id_rsa.pub にあるはずである。

4. 公開鍵の登録が無事にされたかどうかはステップ３が完了されても不明なので、登録SSH公開鍵閲覧フォームで確認する。なお、ここでもステップ１で得たIDとパスワードとメールアドレスを聞かれるので準備しておく。

5. 以上が完了すれば、いよいよ基研サーバーへのログインが可能になる。ログインやファイル転送の方法は、SSH鍵認証によるファイル転送方法を参照。ステップ２で自分で決めたパスワードはここで必要になる。

6. 無事にログインできれば mercury.yukawa-kyoto-u.ac.jpのホームディレクトリの下のpublic_htmlの下にホームページのファイルを転送する。ホームページのアドレスは、~/public_html/TDRの下にファイルを置いた場合は、http://www2.yukawa.kyoto-u.ac.jp/~tde2020/TDGR/となる。なお、研究会のホームページの雛形は用途明記の上連絡くださればお渡し致します。

7. 次に研究会参加者の登録フォームの設置方法について述べる。二つの方法があって、一つはグーグルフォームを利用する。もう一つは基研で公式に提供している簡易登録フォームを利用する方法である。私の場合は、グーグルフォームを利用した。公式提供に関しては別途メールをする必要があるようである。詳細はまたの機会に述べる。


Mac OS X MojaveでPHPをワークさせる方法（16/Sep/2019） 

Google先生に聞いてもそこそこ反応が薄かったのでメモがわりに投稿。ここに辿り着いた方の一助となれば幸いです。

1. httpd.confを編集する。sudo vi /private/etc/apache2/httpd.conf で、#LoadModuleのコメントアウト(#)を外す。ここで、php7やuser_dirのmoduleはマストで外す（後に具体例を示す予定）。

2. sudo vi  /private/etc/apache2/extra/httpd-vhosts.confでDocumentRoot""の""の中身を"/Users/yourname/Sites/"に変更。yournameはhome directoryの名前。これはブラウザでlocalhostと打った時にエラーを出さないために処理。

3.  cd  /private/etc/apache2/users/でGuest.confをコピーしてrename。sudo vi rename.confで<Directory""> の""の中身を<Directory"/Users/yourname/Sites">に変更。

4. sudo vi  /private/etc/apache2/extra/httpd-userdir.confで# Include  /private/etc/apache2/users/*.confのコメントアウトを外す。

5. apacheを再起動する。> sudo appachectl restart

6. 以上の変更箇所で文法エラーがないかどうかを確認する。

> sudo appachectl configtest

注）このコマンドでエラーが出たらメッセージにしたがって解決する。

7. ブラウザ（例えばchrome）を立ち上げて、localhostと打ってブラウズ。

注）ここでforbiddenエラーやプロキシエラーが出たら上記を見直すかコンパネのネットワーク設定を確認。

8. /users/yourname/Sites/の下のdirectoryの名前をクリックするとPHPを使用したHPを確認できる。 


High Sierraにifort(version 18.0.1)と共にopenmpiをインスールする方法 (23/Feb/2018)

Google先生に聞いても限りなく反応が薄かったのでメモがわりに投稿。ここに辿り着いた方の一助となれば幸いです。

1. Xcode最新版をインストール。コマンドラインツールもインストール。

2. $ gcc -vと打つ。gccのversionがclangになっていることを確認。gcc7ではconfigureは上手く行っても、make installが上手く行きません。もしMacPortsなのでgcc7をインスールしていたらアンインストールを勧めます。

3. .bash_profileにて環境変数の設定。

DYLD_LIBRARY_PATH=“/opt/intel/lib”

export DYLD_LIBRARY_PATH

4. openmpi-3.0.0.tar.gzをダウンロード。解凍して、$ cd openmpi-3.0.0

5. openmpi-3.0.0の中で$ mkdir build、$ cd build

6. $ ../configure FC=ifort CC=gcc CXX=g++ —prefix=/usr/local

注）configureが完了するのに数分かかります。

7. $ sudo make install

注）make installが完了するのに数分かかります。

8. $ mpif90 や $ mpirunでちゃんと走っているか確認して終了。