Sejarah Kelurahan Tondo tidak bisa dilepaskan dari sejarah terbentuknya kota palu yang sebelumnya memiliki status wilayah sebagai kota dalam swatantra Donggala berdasarkan Undang-Undang No.29 Tahun 1952. Selanjutnya di hapuslah pemerintah swapraja dengan keluarnya Undang-Undang No.1 Tahun 1957 dan Undang-Undang No.29 Tahun 1958 serta Undang-Undang No.13 Tahun 1964 tentang terbentuknya daerah Provinsi Sulawesi Tengah.
Kelurahan Tondo awal mulanya adalah sebuah kampung yang terdiri dari beberapa kampung yang bergabung menjadi kampung tondo. Kata “Tondo” berasal dari kata “petondo mbotomo” yang diucapkan oleh seorang tokoh dari kulawi yang biasa dipanggil tomalanggai yang mengusir perompak laut yang pada saat istirahat anak buahnya bertanya “dimana bekal kita?” Tomalanggai menjawab “petondo mbotomo” yang artinya “lihat sendiri bekal itu” ada digantung di cabang-cabang pohon. Dari kata lain asal nama kampung tondo. Sumber : Dg. Mabara (ketua adat kelurahan tondo).
Sebelum tanggal 27 september 1978, kampung tondo telah berubah statusnya menjadi desa tondo dan termasuk dalam wilayah Kecamatan Tawaeli. Kemudian status sebagai desa berubah menjadi kelurahan sebagai dampak dari pembentukan Kecamatan Palu menjadi wilayah administratif palu tanggal 27 september 1978 dengan peraturan pemerintah No.18 Tahun 1978 serta asas dasar dekonsentrasi sesuai Undang-Undang No.05 Tahun 1979 tentang pemerintah di desa, daerah administratif palu terbagi dua kecamatan yaitu Kecamatan Palu Barat dan Kecamatan Palu Timur, yang mana Kelurahan Tondo termasuk salah satu kelurahan dari 11 kelurahan di Kecamatan Palu Timur. Kemudian berdasarkan peraturan daerah Kota Palu No.04 Tahun 2012 tentang pembentukan Kecamatan Ulujadi, Kecamatan Tatanga, Kecamatan Tawaeli dan Kecamatan Mantikulore, maka Kelurahan Tondo termasuk salah satu kelurahan dari 8 kelurahan yang berada di Kecamatan Mantikulore.