El entrenamiento es una de las tres áreas de ministerios relacionados con todas las actividades de JUCUM. Nuestros programas de entrenamiento tienen como objetivo equipar a los cristianos para que sirvan mejor a los demás en diversas áreas, desde educación, las artes, la agricultura y la salud hasta la rehabilitación de adictos y ministerios transculturales. Cada uno de estos programas de entrenamiento refleja el propósito de Juventud con una Misión: Conocer a Dios y Hacerlo Conocido.
Estos cursos son ofrecidos por la Universidad de las Naciones y Juventud con Una Misión, dentro de estos cursos se encuentra la Escuela de Discipulado y Entrenamiento (E.D.E) que es la puerta de entrada a esta universidad y el requisito previo para convertirse en misionero en JUCUM. También las escuelas llamadas de Segundo y Tercer nivel, como también los Seminarios dictados para fortalecer una materia o area especifica.