JR貨物が第二種鉄道事業を行っている区間のうち、JR以外によって旅客営業が行われている線区の一覧（第一種鉄道事業を行っているとは限らない）。
JR貨物が第一種鉄道事業者である区間と、JR6社が旅客営業を行っている路線は各社に対応するページを参照のこと。
旅客営業が廃止されるとJR貨物単独の路線となるため、各地方のページに移します。
おおむね北から順に記載。ただし、元JR線は当時の起点から近い順。
第二種鉄道事業を廃止した線区には取消線をつける。
旅客扱いの有無は省略し、全駅を黒色で表記する。
信号扱いのある駅・信号場は太字。
函館貨物－七重浜－東久根別－久根別－清川口－上磯－矢不来信号場－茂辺地－渡島当別－釜谷－泉沢－札苅－木古内
盛岡＝青山＝厨川＝巣子＝滝沢＝渋民＝好摩＝岩手川口＝いわて沼宮内＝御堂＝奥中山高原＝小繋＝小鳥谷＝一戸＝二戸＝斗米＝金田一温泉＝目時
目時＝三戸＝諏訪ノ平＝剣吉＝苫米地＝北高岩＝八戸＝八戸貨物＝陸奥市川＝下田＝向山＝三沢＝小川原＝上北町＝乙供＝千曳＝野辺地＝狩場沢＝清水川＝小湊＝西平内＝浅虫温泉＝野内＝矢田前＝小柳＝東青森＝筒井＝青森信号場－青森
西若松－南若松－門田－芦ノ牧温泉－大川ダム公園－芦ノ牧温泉南－湯野上温泉
田中＝大屋＝信濃国分寺＝上田＝西上田＝テクノさかき＝坂城＝戸倉＝千曲＝屋代＝屋代高校前＝篠ノ井
長野＝北長野－三才－豊野－牟礼－古間－黒姫＝妙高高原
妙高高原－関山－二本木－新井－北新井－上越妙高－南高田－高田－春日山－直江津
敦賀＝南今庄＝今庄＝湯尾＝南条＝王子保＝武生＝鯖江＝北鯖江＝大土呂＝越前花堂＝南福井＝福井＝森田＝春江＝丸岡＝芦原温泉＝細呂木＝牛ノ谷＝大聖寺
大聖寺＝加賀温泉＝動橋＝粟津＝小松＝明峰＝能美根上＝小舞子＝美川＝加賀笠間＝西松任＝松任＝野々市＝西金沢＝金沢＝金沢貨物ターミナル＝森本＝津幡＝倶利伽羅
倶利伽羅＝石動＝福岡＝西高岡＝高岡やぶなみ＝高岡＝越中大門＝小杉＝呉羽＝富山＝富山貨物＝新富山口＝東富山＝水橋＝滑川＝東滑川＝魚津＝黒部＝生地＝西入善＝入善＝泊＝越中宮崎＝市振
市振＝親不知＝青海＝糸魚川＝えちご押上ひすい海岸＝梶屋敷＝浦本＝能生＝筒石＝名立＝有間川＝谷浜＝直江津
岡崎－六名－中岡崎＝北岡崎
名古屋＝ささしまライブ＝笹島信号場＝小本＝名古屋貨物ターミナル
河原田＝鈴鹿＝玉垣＝鈴鹿サーキット稲生＝徳田＝中瀬古－伊勢上野－河芸－東一身田－津
八代－肥後高田－日奈久温泉－肥後二見－上田浦－たのうら御立岬公園－肥後田浦－海浦－佐敷－湯浦＝津奈木－新水俣－袋－米ノ津－出水－西出水－高尾野－野田郷－折口－赤瀬川信号場－阿久根－牛ノ浜－薩摩大川－西方－薩摩高城－草道－上川内－川内