O Congresso Brasileiro de Jovens Pesquisadores em Matemática Pura, Aplicada e Estatística foi criado com a finalidade de promover o intercâmbio científico entre pesquisadores em estágio inicial de carreira, atuando na sua consolidação. Considera-se também como objetivo do evento promover um ambiente de discussão de políticas científicas voltadas  para os jovens pesquisadores, em especial aqueles tenham concluído o doutorado nos últimos 10 anos. 

Em 2014, foi lançado o Primeiro Congresso Brasileiro de Jovens Pesquisadores em Matemática Pura e Aplicada (I CBJM), organizado pelo Instituto de Matemática e Estatística (IME) da Universidade de São Paulo (USP). Devido ao sucesso desta primeira edição, definiu-se um calendário regular para o evento e assim, em 2016, o Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica (IMECC) da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) organizou a segunda edição do evento (II CBJM). Para a  terceira edição, organizada pelos jovens pesquisadores da Universidade Federal do Paraná (UFPR) e da Universidade Tecnológica Federal do Paraná – UTFPR, em Curitiba-PR, o evento foi ampliado, adicionando-se Estatística dentre as temáticas do evento, passando a se chamar Congresso Brasileiro de Jovens Pesquisadores em Matemática Pura, Aplicada e Estatística (III CBJME). A quarta edição do CBJME estava prevista para acontecer em 2020, presencialmente, na Universidade Federal da Paraíba (UFPB), mas devido à pandemia de Covid-19 isso não foi possível e os organizadores decidiram promover um evento virtual que o nomearam de Webinário de Jovens Pesquisadores em Matemática Pura, Aplicada e Estatística (WebJME), em novembro de 2020. Com a flexibilização das diretrizes durante a pandemia, o IV CBJME aconteceu presencialmente na UFPB em outubro de 2022.

A quinta edição do CBJME será realizado nos dias 11, 12 e 13 de setembro de 2024 na cidade de Belo Horizonte, Minas Gerais, no campus Pampulha da Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG).