El territorio de la actual provincia de Jaén es una de las áreas de mayor interrelación regional e integración cultural entre el espacio andino y el amazónico.
De los primeros pobladores y su cultura, han quedado reliquias arqueológicas de grandes asentamientos humanos y centros ceremoniales como Montegrande, Tocaquillo, Shaupe, Huayurco, Tomependa, que con su arte lítico y pictórico, o su variada alfarería y metalurgia de oro entre otras, testimonian su ruta civilizatoria seguida desde tiempos anteriores a la formación de la cultura chavín.
En el periodo formativo Temprano se percibe en su cerámica las influencias de los pandaches y pacopampas; durante el formativo superior por los años 400 a. C. los cupisniques (Chavín), arribaron al valle de Jaén y del Marañón a través de Pacopampa, su poderoso enclave, los que en su avance edificaron el gran centro ceremonial de Pomahuaca a orillas del río de Huancabamba, lugar al que se le denomina Ingatambo.
Jaén es una provincia altoamazónica que por su proximidad a la región costera y altoandina, siempre estuvo sujeta a través del tiempo a la influencia de fuertes desarrollos regionales, como los Vicús, Moches, Chimús, Cajamarca, Chachapoyas, Tabaconas, Salliques y Chontalíes. Finalmente, sólo la parte de la sierra norte fue anexada al imperio del Tahuantinsuyo por Túpac Inca Yupanqui en la década de 1470 d. C.
Los pobladores de la actual ciudad de Jaén y los principales vecinos de los demás pueblos de Colasay, Chirinos, San Ignacio y Tomependa, el 4 de junio de 1821 declararon “proclamada la patria y jurada la gloriosa independencia”, participándolo al General San Martín, por conducto del Gobernador de Lambayeque y del presidente de Trujillo. En 1822 la Provincia de Jaén concurre con su Diputado Alejandro Crespo al Primer Congreso que en 1823 dictó la primera Constitución de la República. Desde los inicios del Perú independiente se fijó el estatus territorial del Norte del Perú en 1822: la presidencia o Departamento de Trujillo comprendía las siguientes provincias: Cajamarca, Piura, Lambayeque, Chota, Chachapoyas, Maynas y Jaén. Fue el Acta del 4 de junio y la presencia de Jaén con su diputado en el primer Congreso constituyente convocado por San Martín las pruebas contundentes de la Constitución inicial del Perú independiente, con Jaén en el seno de la patria.
El progreso de Jaén fue detenido por tres siniestros de los que fue víctima con funestas consecuencias. El terremoto del 14 de mayo de 1928 que destruyó completamente la ciudad con pérdidas humanas y materiales, este movimiento desvió de su antiguo lecho las aguas del río Jaén, trayéndolos al costado de la ciudad que terminaba en el puente antiguo, apartándolos medio kilómetro de su antiguo cauce. El 27 de agosto de 1937, fue sorprendida la población por un voraz incendio; quedaron reducidas a cenizas más de 50 casas. Se quemaron todas las oficinas públicas y en la madrugada del 3 de marzo de 1940 a las 3 a.m. se produjo el segundo incendio que asoló la ciudad. A raíz de estos siniestros se comenzaron a construir casas de adobe con techo de tejas y calamina, mejorando notablemente su aspecto urbano.
En el año 1954 se crea el Instituto Agropecuario N.º 14, en 1959 el Colegio Nacional Jaén de Bracamoros y en 1965 el Colegio Sagrado Corazón.
El 12 de mayo de 1965 por Ley 15560 se crea la Prov. de San Ignacio, desmembrándose de Jaén los distritos de Tabaconas, Chirinos, Namballe, San José de Lourdes y Santa Rosa, que después volvió a la Prov. de Jaén. En el año 1970 se crea la Dirección Zonal de Educación n.º 14 cuyo ámbito abarcaba las Provincias de Jaén, San Ignacio, Bagua, Utcubamba y Condorcanqui. En 1971 se crea la Escuela Normal Mixta “Víctor Andrés Belaunde”, integrada por las escuelas normales de Jaén y Bellavista.