โรงเรียนนี้เดิมชื่อว่า ปอเนาะปาตารายอ มีเนื้อที่ 12 ไร่ และได้จัดตั้งขึ้น เมื่อ พ.ศ. 2501 ซึ่งเดิมเป็นสูเหร่าสอนศาสนาอิสลามและเป็นที่ประกอบกิจกรรมทางศาสนา เปิดดำเนินการโดยเจ้าของชื่อ นายหะยีมูฮำมัด ดาฆัง เบ็ญบาเห็ม (บิดาของผู้จัดการและผู้รับใบอนุญาตคนปัจจุบัน)

 เมื่อวันที่ 10 สิงหาคม 2514 ได้จดทะเบียนเป็น โรงเรียนราษฎร์ สอนวิชาศาสนาควบคู่วิชาสามัญ ตามหลักสูตรการศึกษาผู้ใหญ่ ระดับ 3 (เทียบเท่า ป.7) และได้เปลี่ยนชื่อ ปอเนาะปาตารายอ เป็นโรงเรียนอิสลามวิทยา  โดยนายเจ๊ะปอ  โดยหมะ เป็นผู้รับใบอนุญาต ผู้จัดการและครูใหญ่ เป็นคนเดียวกัน ตามใบอนุญาตเลขที่ (515/2514)

เมื่อปี พ.ศ. 2540 ในโดยนายเจ๊ะปอ โดยหมะได้โอนและมอบหมายกิจการโรงเรียนอิสลามวิทยาทั้งหมด ให้แก่ นายอับดุลกอเดร์ เบ็ญบาเห็ม มาเป็นผู้รับใบอนุญาตและผู้จัดการโดยมีนายอดุลย์ โดยหมะ เป็นครูใหญ่ เพื่อดำเนินกิจการโรงเรียนต่อไป  และได้เปลี่ยนสภาพโรงเรียน มาตรา 15(2) เป็น โรงเรียนมาตรา 15(1) และได้ขยายชั้นเรียนตั้งแต่ระดับอนุบาล 2-3 ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-6 และระดับมัธยมศึกษาปีที่ 1-6 ส่วนวิชาศาสนา เปิดตั้งแต่ชั้น อิบตีดาอีย์   มูตาวัซซิค และซานาวีย์  (ชั้น 1-10 ) ตามใบอนุญาตเลขที่ สข. 231/2547

ปัจจุบันโรงเรียนอิสลามวิทยามูลนิธิอยู่ภายใต้การอุปถัมภ์ของมูลนิธิเพื่อการศึกษา มูฮำมาดียะห์  เป็นโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามตาม

มาตรา 15 (1) สังกัดกองโรงเรียนนโยบายพิเศษสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน กระทรวงศึกษาธิการ ได้รับเงินอุดหนุน 100%

ยกเว้นค่าธรรมเนียนการเรียนแก่นักเรียน ชั้นมัยธมศึกษาปีที่ 1-6

เปิดสอนหลักสูตรระดับการศึกษาขั้นพื้นฐาน ชั้นอนุบาล 2-3 ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-6 (ป.1-ป.6) ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1-6 (ม.1-ม.6)  และหลักสูตรนักศึกษาวิชาทหาร ส่วนทางด้านศาสนา เปิดสอนชั้นอิบตีดาอีย์ มูตาวัซซิค และซานาวีย์ (ชั้น 1 – 10 ) คือ เมื่อจบชั้น ม. 6 พร้อมจบศาสนาชั้น 10 และเปิดสอนคอมพิวเตอร์ทุกระดับชั้น 

โรงเรียนอิสลามวิทยามูลนิธิ ตั้งอยู่ ณ เลขที่  หมู่ที่ 3 ตำบลจะแหน อำเภอสะบ้าย้อย จังหวัดสงขลา ริมถนนสายสะบ้าย้อย – ยะหา  มีพื้นที่ทั้งหมด 12 ไร่