植物因有細胞壁，因此需先利用酵素將細胞壁分解，如此才能獲得單一顆植物細胞，除去細胞壁後被細胞膜包圍的「裸露細胞」便稱為原生質體。若能在某些細胞中表達螢光蛋白，便可藉由細胞分選的方式，分離出特異性的細胞類型（例如，葉的保衛細胞），進一步衍伸轉錄物組學等相關研究。實驗室合作的對象是臺大生科林盈仲老師與中研院植微所顧銓老師實驗室，利用單一細胞分選的方式獲得目標原生質體，再結合測序與生物資訊，探討植物發育與演化，以及轉錄調控網路。研究成果已發表於 Genome Biology 期刊 ，成功揭示被子植物木質部發育及演化之謎 (Tung et al. 2023)。

海洋中有一種非常獨特的單細胞藻類 Coccolithophore ，中文翻譯是鈣板金藻，顧名思義就是會形成鈣質板的微藻。鈣板金藻廣泛分布於海洋中，是地球上生產力最高的鈣化生物。球形細胞直徑約 5-100 微米，鈣質球石板直徑約 2-25 微米。研究顯示鈣板金藻的細胞壁外會產生二甲基硫（DMS）的化學物質，最後形成鹽類逸散到空氣中，變成雲層的凝結核，使雲量增加，反射陽光，以減緩溫室效應，對地球有非常重要的貢獻。我們合作的對象是中研院植微所顧銓老師實驗室，主要研究方向為利用單細胞轉錄組學探討微型真核生物的演化與生態學，先前合作的成果已發表在 New Phytologist 期刊 (Kao et al. 2022)。下圖 CytoFLEX SRT 分選的鈣板金藻樣品是直接來自海洋的樣本，先以 FSC (Forward Scatter ; 前向散射光) 依細胞大小圈出目標物，接著再利用藻類葉綠素產生的紅色自發螢光將藻類圈選出來，最後再選出具有較高的 SSC (Side Scatter ; 側向散射光) 的族群，並進行單細胞分選，以利後續實驗室培養。

接著要介紹的是與海綿共生的藍綠藻。台灣綠島過去曾發生大量珊瑚死亡事件，結果發現主要是受到如黑色覆蓋物之星野黑皮海綿 （Terpios hoshinota）入侵所引起，簡稱「黑病」。星野黑皮海綿細菌群相專㇐，主要為具光合作用的單細胞球形藍綠菌，此新種藍綠菌和星野黑皮海綿存有某種程度的共生關係 (延伸閱讀 : 珊瑚殺手──星野海綿和它隨從細菌的「幫派」結構)。我們合作的對象是中研院多樣中心湯森林老師實驗室，主要研究方向為探討微生物群落與重要化學元素循環之間的相互作用關係，先前合作的成果已發表於 Environmental Microbiology 期刊 ( Chen et al. 2022)。在分選設計上，我們直接以藻類紅色葉綠素螢光作為 trigger，接著再以藍綠藻獨特的類胡蘿蔔素 (carotenoid) 來分出最主要的目標物，進行大量純化分選，分選出的細胞後續再以質譜儀進行代謝體分析。